بررسی سه ویژگی جرم، آبگریزی و قطبیت در شناسایی مکان های اتصال RNA در دنباله پروتئین ها

میان کنش بین RNA و پروتئین نقش اساسی در فرآیندهای مختلف بیولوژیکی نظیر فرآیندهای mRNA، ساخت پروتئین و عملکرد ریبوزوم ایفا می کنند. در این پژوهش به بررسی مکان های اتصال RNA در پروتئین ها بوسیله سه ویژگی جرم، قطبیت و آبگریزی پرداخته شده است. به منظور ارزیابی از اعتبارسنجی متقاطع ۵ تایی بر روی مجموعه داده های RBP۷۷ و RBP۱۰۷ استفاده شد و در مجموعه داده RBP۷۷ به نتایج قطبیت با بیشترین مقدار حساسیت برابر ۷۰.۴۵ و ضریب همبستگی برابر ۰.۶۵۵۵، آبگریزی با بیشترین مقدار اختصاصیت برابر ۹۴.۰۹ و جرم با بیشترین مقدار صحت برابر ۸۷.۹۴ و RBP۱۰۷ به نتایج قطبیت با بیشترین مقدار حساسیت برابر ۶۲.۷۰ و ضریب همبستگی برابر ۰.۴۲۴۶، آبگریزی با بیشترین مقدار اختصاصیت برابر ۸۷.۷۸ و صحت برابر ۸۴.۶۲ دست یافتیم. که این نتایج نشان دهنده تاثیر خوب این ویژگی ها در شناسایی مکان های اتصال RNA در دنباله پروتئین ها می باشد.

کلیدواژه ها:

میان کنش پروتئین و RNA ، شناسایی مکان های اتصال RNA ، ماشین بردار پشتیبان ، ماتریس امتیاز موقعیت خاص