ناشر تخصصی کنفرانس های ایران

لطفا کمی صبر نمایید

Publisher of Iranian Journals and Conference Proceedings

Please waite ..
ناشر تخصصی کنفرانسهای ایران
ورود |عضویت رایگان |راهنمای سایت |عضویت کتابخانه ها
عنوان
مقاله

Inferring Genetic Architecture of Chicken Genome Using the Brand-New Omnigenic Model

Inferring Genetic Architecture of Chicken Genome Using the Brand-New Omnigenic Model
سال انتشار: 1399
کد COI مقاله: CIGS16_002
زبان مقاله: انگلیسیمشاهده این مقاله: 123
نسخه کامل این مقاله ارائه نشده است و در دسترس نمی باشد

مشخصات نویسندگان مقاله Inferring Genetic Architecture of Chicken Genome Using the Brand-New Omnigenic Model

Peymaneh Davoodi - Tarbiat Modares University
Alireza Ehsani - Tarbiat Modares University
Rasoul Vaez Torshizi - Tarbiat Modares University
Ali Akbar Masoudi - Tarbiat Modares University

چکیده مقاله:

Background and Aim: Abstract: Inferring genetic architecture of quantitative traits is the most dynamic era in genetics studies. Since Fisher's infinitesimal model cannot support the underlying genetic architecture of all traits in all situations and in the other hand, genome-wide association results based on the finite loci model couldn't sufficiently explain the phenotypic variation of complex traits, the world of genetic research requires a new comprehensive model. Therefore the alternative new Omnigenic model has uncovered a deep correlation gene network in various complex traits, yet the application of this model is not fully explored. The adjacent genes to GWAS signals related to several complex traits in chicken extracted. The extracted genes related to the complex traits uploaded to the GeneMANIA web tool in order to predict the sorts of networks. The GWAS joint analysis of the ۳ distinct trait groups revealed ۱۲۶ distinct genetic loci. The network prediction of these ۱۲۶ hub genes displayed different networks including ۶۴.۰۷ % co-expression, ۱۱.۳۵% physical interaction, ۱۰.۵۵% genetic interaction, ۷.۴۲% pathway-related networks, ۵.۳۸% co-localization, ۰.۷% predicted network and ۰.۵۴% shared protein domains in one composite network. The result indicates that it is not adequate to simply focus on a single phenotype because of complex interactions between genes related to different traits. Additionally, the high level of co-expression and dense interactions resulted in this study justifies the Omnigenic model better than infinitesimal and finite loci models in chicken as an economical domesticated animal. It can be concluded that GWAS findings do not show consistent enrichment of synaptic gene sets in the chicken. Therefore integration of multiple distinct traits will make a clear network of phenotypic relatedness under the curtain of connected genes for better justification of the Omnigenic model.Methods: Material and Method An in-silico network prediction was performed using significant signals of GWASs related to several complex traits that have conducted at Tarbiat Modares University in chicken data. The meat-quality traits, immune phenotypes, blood parameters, Ascites related traits, body weights, and carcass traits measured in the same samples of chickens were included in this analysis. A network prediction was performed for probable adjacent genes to GWAS signals with GenMANIA web software to predict how a list of genes related to seemingly unrelated-trait categories is connected together. The GeneMANIA applies the two-sect algorithm including ۱- a linear regression for calculating a single functional association network from multiple data sources and ۲- a semi-supervised algorithm detecting communities using association network structure for predicting gene function.Results: Results and Discussion The network joint-analyses of significant genes associated with various traits revealed a dense network interaction. This network of the ۱۲۶ hub genes has shown that they are linked by more than one type of network including ۶۴.۰۷ % co-expression, ۱۱.۳۵% physical interaction, ۱۰.۵۵% genetic interactions, ۷.۴۲% pathways, ۵.۳۸% co-localization, ۰.۷% predicted and ۰.۵۴% shared protein domain network (Figure ۱). Figure-۱ GeneMANIA predicted network of ۱۲۶ hub genes related to different traits in chicken illustrating dense gene-gene interaction with various types of network.Conclusion: Since the resulting constructed a well-connected network without any cluster of the disconnected marginal networks we can conclude that the inputted genes are functionally related and the functional associations captured well by the GeneMANIA algorithm (Montojo, Zuberi et al. ۲۰۱۴). Also, the gene list-specific weights calculated by GeneMANIA can be considered as an optimal weighting (Mostafavi, Ray et al. ۲۰۰۸). The output composite network contains the genes that have mostly connected to the uploaded query genes and complex gene-gene interactions linked by ۷ common types of networks.

کلیدواژه ها:

The Omnigenic model- Gene interaction networks- Chicken complex traits

کد مقاله/لینک ثابت به این مقاله

کد یکتای اختصاصی (COI) این مقاله در پایگاه سیویلیکا CIGS16_002 میباشد و برای لینک دهی به این مقاله می توانید از لینک زیر استفاده نمایید. این لینک همیشه ثابت است و به عنوان سند ثبت مقاله در مرجع سیویلیکا مورد استفاده قرار میگیرد:

https://civilica.com/doc/1195268/

نحوه استناد به مقاله:

در صورتی که می خواهید در اثر پژوهشی خود به این مقاله ارجاع دهید، به سادگی می توانید از عبارت زیر در بخش منابع و مراجع استفاده نمایید:
Davoodi, Peymaneh and Ehsani, Alireza and Vaez Torshizi, Rasoul and Masoudi, Ali Akbar,1399,Inferring Genetic Architecture of Chicken Genome Using the Brand-New Omnigenic Model,the fourth International and 16th National Genetics Congress,Tehran,https://civilica.com/doc/1195268

در داخل متن نیز هر جا که به عبارت و یا دستاوردی از این مقاله اشاره شود پس از ذکر مطلب، در داخل پارانتز، مشخصات زیر نوشته می شود.
برای بار اول: (1399, Davoodi, Peymaneh؛ Alireza Ehsani and Rasoul Vaez Torshizi and Ali Akbar Masoudi)
برای بار دوم به بعد: (1399, Davoodi؛ Ehsani and Vaez Torshizi and Masoudi)
برای آشنایی کامل با نحوه مرجع نویسی لطفا بخش راهنمای سیویلیکا (مرجع دهی) را ملاحظه نمایید.

مدیریت اطلاعات پژوهشی

صدور گواهی نمایه سازی | گزارش اشکال مقاله | من نویسنده این مقاله هستم

اطلاعات استنادی این مقاله را به نرم افزارهای مدیریت اطلاعات علمی و استنادی ارسال نمایید و در تحقیقات خود از آن استفاده نمایید.

علم سنجی و رتبه بندی مقاله

مشخصات مرکز تولید کننده این مقاله به صورت زیر است:
نوع مرکز: دانشگاه دولتی
تعداد مقالات: 34,207
در بخش علم سنجی پایگاه سیویلیکا می توانید رتبه بندی علمی مراکز دانشگاهی و پژوهشی کشور را بر اساس آمار مقالات نمایه شده مشاهده نمایید.

مقالات مرتبط جدید

به اشتراک گذاری این صفحه

اطلاعات بیشتر درباره COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.

پشتیبانی