اثر استفاده از اطلاعات ژنومی گاوهای ماده در جمعیت مرجع، روی صحت ارزشهای اصلاحی ‏ژنومی برآوردشده در گاوهای هلشتاین ایران

سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 259

فایل این مقاله در 13 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_IJAS-51-4_005

تاریخ نمایه سازی: 8 اردیبهشت 1400

چکیده مقاله:

ارزیابیهای دقیق ژنومی به یک جمعیت مرجع بزرگ با اطلاعات عملکردی قابل اعتماد (مانند ارزشهای اصلاحی پیشبینیشده) بستگی دارد. هدف از این مطالعه، شناسایی مناسبترین جمعیت مرجع برای پیشبینی ارزش اصلاحی ژنومی حیوانات در برنامههای اصلاحنژاد گاو شیری هلشتاین ایران میباشد. ابتدا با استفاده از شبیهسازی ژنوم و مطابق با روند اصلاحنژاد گاو شیری در ایران (هسته اصلاحنژادی باز با تبادل ژنی بین هسته و جمعیت تجاری) جمعیتهای مورد نیاز شبیهسازی شدند. دو سطح وراثتپذیری متوسط (۳/۰) و پایین (۰۵/۰) بهطور مستقل در نظر گرفته شد. در تمام مراحل، فرایند شبیهسازی ۱۰ بار تکرار شد و نتایج مورد بررسی قرار گرفت. در این مطالعه، گاوهای ماده جهت تعیین ژنوتیپ، بر اساس چهار سناریوی انتخاب تصادفی، افراد دو کران بالا و پایین توزیع ارزش فنوتیپی، افراد با بالاترین ارزش فنوتیپی و افراد با بالاترین ارزش اصلاحی در تعداد مختلف انتخاب و به جمعیت مرجع افزوده شدند. با روش تکمرحلهای بهترین پیشبینی نااریب خطی (Single Step BLUP)، برای افراد جمعیت آزمون ارزش اصلاحی ژنومی پیشبینی شد. برای تمام سناریوهای گفتهشده، صحت و ضریب نااریبی پیشبینی ارزش اصلاحی برآورد شد. نتایج نشان داد زمانی که حیوانات ماده با بیشترین و کمترین ارزش فنوتیپی (سناریوی دوم تعیین مادهها) انتخاب شدند، نسبت به سایر سناریوها، صحت پیشبینی ارزش اصلاحی بیشتر بود. تعیین مادهها با ارزش فنوتیپی بالا (سناریوی سوم انتخاب مادهها)، کمترین اریبی را به بار آورد. استفاده از نرهای وارداتی دارای ژنوتیپ و استفاده از آنها به تنهایی به عنوان جمعیت مرجع، کمترین صحت و بیشترین اریبی را نشان داد. ترکیب نرها با مادهها نسبت به سناریوهای صرفا نرها یا صرفا مادهها، افزایش صحت و کاهش اریبی را به همراه داشت، بنابراین با احتساب هزینههای اقتصادی، تعیین ژنوتیپ، استفاده از گاوهای ماده در جمعیت مرجع (۲۰۰۰ راس گاو ماده ژنوتیپ شده)، مطابق با سناریوی دوم انتخاب مادهها، بهترین راهبرد پیشنهادی جهت تشکیل جمعیت مرجع و ارزیابی ژنومی با کمترین هزینه، در ایران میباشد.  

نویسندگان

محمد رضا منصوریان

دانشجوی دکتری، پردیس بین المللی ارس دانشگاه تهران، جلفا، ایران

سید رضا میرائی آشتیانی

استاد، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران

اردشیر نجاتی جوارمی

استاد، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران

مهدی سرگلزائی

استادیار، گروه علوم دامی، دانشگاه گوئلف کانادا

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  •  Abdollahi-Arpanahi, R., Pakdel, A., Nejati-Javaremi, A. & Moradi Shahbabak, M. ...
  • Ardebili, R.A., Shadparvar, A.A. & Shakalgorabi, S.J. (2016). Comparison of ...
  • Baneh, H., Nejati-Javaremi, A., Rahimi-Mianji, GH. & Honarvar, M. (2017). ...
  • Bohmanova, J., Sargolzaei, M. & Schenkel, F.S. (2010). Characteristics of ...
  • Dehnavi, E., Mahyari, S.A., Schenkel, F.S. & Sargolzaei, M. (2018). ...
  • Ding, X., Zhang, Z., Li, X., Wang, S., Wu, X., ...
  • Gao, H., Su, G., Janss, L., Zhang, Y. & Lund, ...
  • Ghaderi Zefrei, M., Mohaghegh Dolatabadi, M., Bahreini, M. & Haghparvar, ...
  • Goddard, M.E. & Hayes, B.J. (2007). Genomic selection. Journal of ...
  • Goddard, M.E. & Hayes, B.J. (2009). Mapping genes for complex ...
  • Harlizius, B., Wijk, R. & Merks, J. (2004). Genomics for ...
  • Harris, B.L. & Johnson, D.L. (2010). Genomic predictions for New ...
  • Hayes, B.J., Bowman, P.J., Chamberlain, A.J. & Goddard, M.E. (2009). ...
  • Jenko, J., Wiggans, G.R., Cooper, T.A., Eaglen, S.A.E., Luff, W.D.L., ...
  • Jimenez-Montero, J.A., Gonzalez-Recio, O. & Alenda, R. (2012). Genotyping strategies ...
  • Karimi, D,. Tahmoorespoor, M., Dadpasand, M., Aslami nejad, A., Sandolund, ...
  • Koivula, M., Strandén, I., Aamand, G. P. & Mäntysaari, E. ...
  • Koivula, M., Strandén, I., Aamand, G. P. & Mäntysaari, E. ...
  • Koivula, M., Strandén, I., Aamand, G.P. & Mäntysaari, E.A. (2018). ...
  • Legarra, A., Aguikar, I. & Misztal, I. (2009). A relationship ...
  • Lillehammer, M., Meuwissen, T.H. & Sonesson, A.K. (2011). A comparison ...
  • Lund, M. S., van den Berg, I., Ma, P., Brøndum, ...
  • Mahmoudi, N., Ayatollahi Mehrgerdi, A., Honarvar, M. & Esmailizadeh kashkooeiyeh, ...
  • Mc Hugh, N., Meuwissen, T.H., Cromie, A.R. & Sonesson, A.K. ...
  • Meuwissen, T. H., Hayes, B. J. & Goddard, M. E. ...
  • Nejati Javaremi, A., Smith, C. & Gibson, J. (1997). Effect ...
  • Patry, C. & Ducrocq, V. (2011). Evidence of biases in ...
  • Pérez, P. & de Los Campos, G. (2014). Genome-wide regression ...
  • Plieschke, L., Edel, C., Pimentel, E.C., Emmerling, R., Bennewitz, J. ...
  • Pryce, J., Hayes, B. & Goddard, M. (2012a). Genomics-what does ...
  • Pryce, J.E., Arias, J., Bowman, P.J., Davis, S.R., Macdonald, K.A., ...
  • Pryce, J.E. & Daetwyler, H.D. (2012). Designing dairy cattle breeding ...
  • Pszczola, M. & Calus, M. P. (2016). Updating the reference ...
  • Rensing, S., Alkhoder, H., Kubitz, C., Schierenbeck, S. & Segelke, ...
  • Sargolzaei, M. & Schenkel, F. (2009). QMSim: A large-scale genome ...
  • Schaeffer, L. R. (2006). Strategy for applying genome-wide selection in ...
  • Su, G., Ma, P., Nielsen, U.S., Aamand, G.P., Wiggans, G., ...
  • Teymourian, M., Shariati, M.M. & Aslami nejad, A.A. (2014). Comparison ...
  • Turral, H., Burke, J. & Faurès, J. (2011). Climate Change, ...
  • VanRaden, P.M. (2008). Efficient methods to compute genomic predictions. Journal ...
  • VanRaden, P.M., Van Tassell, C.P., Wiggans, G.R., Sonstegard, T.S., Schnabel, ...
  • VanRaden, P.M. & Sullivan, P.G. (2010). International genomic evaluation methods ...
  • Varkoohi, S., (2014). A review of genomic selection methods in ...
  • Wiggans, G. R., Cole, J. B., Hubbard, S. M. & ...
  • Wiggans, G.R., Cooper, T.A., Van Raden, P.M. & Silva, M.V. ...
  • نمایش کامل مراجع