مروری بر مطالعات پیش بینی و بررسی میانکنش پروتئین ها

اصطلاح میانکنش بین پروتئینها بیانگر اتصالات مونومرهای آنها است که با یکدیگردر تماس هستند. این ارتباطات که در اثر نیرو های الکترواستاتیک یا فرآیند های شیمیایی صورت گرفته و سبب برهمکنش شبکه های پروتئینی میشود، نقش کلیدی را در پیش بینی عملکرد و فعالیت پروتئینها ایفا خواهد کرد. میانکنش پروتئینها با یکدیگر طیف عظیمی از فرآیندهای زیستی را رقم میزنند که شامل میانکنشهای بین سلولی نیز می باشد. برهمکنش های پروتئینی شامل انواع گوناگونی است که از آن جمله می توان به پروتئین های دخیل در متابولیسم سلولی و پروتئین هایی همچون اکتین و میوزین که در انقباضات عضلانی نقش دارند اشاره کرد. همه ی میانکنش های پروتئین-پروتئین نه تنها در هر سلولی و در هر زمانی رخ نمیدهند بلکه این میانکنشها به نوع سلول، فاز چرخه سلولی، مرحله ی تمایز، تغییرات پس از ترجمه پروتئین نظیر فسفوریلاسیون و گلیکوزیلاسیون، حضور یا عدم حضور کوفاکتور ها و دیگر عوامل دخیل در اتصال بستگی دارد. پیش بینی این میانکنشها مسئلهای مهم در حوزه های زیستی، دارویی و بیوانفورماتیک میباشد که شناخت ما از آنها به درک ما از بیماری ها، فرآیند های زیستی و طرح ریزی در خصوص روش های درمانی جدید کمک میکند. روش های مختلفی برای تشخیص و پیش بینی برهمکنش پروتئین ها وجود دارد که هرکدام خصایص، حساسیت ها، نقاط قوت و نقاط ضعفی دارند؛ این روش ها شامل روش های آزمایشگاهی و محاسباتی میباشد. معروفترین مثال برای روش آزمایشگاهی روش مخمر دوگانه است که برای پیدا کردن جفت های پروتئینی که با یکدیگر برهمکنش دارند استفاده میشود. د ر خصوص روش های محاسباتی در حیطه سیستم های زیستی، به منظور مقایسه معنی دار شبکه های برهمکنشی مختلف روشهای گوناگونی وجود دارد که مهمترین آنها روش همترازی است که در این حالت بهترین تطابق از پروتئین های یک شبکه نسبت به پروتئین های شبکه دیگر به منظور شناسایی نواحی مشابه بین شبکه های گونه های مختلف صورت میگیرد.

کلیدواژه ها:

میانکنش پروتئین ها ، ، پیشبینی برهمکنش پروتئین ها ، بیوانفورماتیک ، مخمر دوگانه ، همترازی