ارزیابی بیوانفورماتیک و خصوصیات زیر واحد بزرگ روبیسکو در برخی از ژنوتیپ های کاهو

هدف: کاهو یکی از قدیمی ترین سبزی های دنیاست که منشا آن در هندوستان و آسیای مرکزی است. در این تحقیق تنوع ژنتیکی 15 ژنوتیپ کاهو با استفاده از توالی ژن rbcl مورد بررسی قرار گرفت. مواد و روش­ها: توالی 15 ژنوتیپ کاهو ابتدا با روش PCR جداسازی و سپس توالی یابی شد. کیفیت توالی ها با استفاده از نرم افزار Chromas 2.1.1 بررسی و سپس با روش ClustalW توسط نرم افزار MegAlign 5 هم ردیف سازی شده و دندروگرام روابط تبار­زایی و ماتریس تفاوت و تشابه توالی ها ترسیم گردیدند. همچنین برای مدل سازی و اعتبار سنجی پروتئین rbcl از SWISS-MODEL و QMEAN و ارزیابی ساختار و کیفیت شیمیایی پروتئین از نقشه­های راماچاندران و سرور Pro-SA استفاده شد. نتایج: بررسی شبکه­های متقابل پروتئین- پروتئین با استفاده از نرم افزار STRING نشان داد اکثر پروتئین­های کد شده با ژن­های matK، psb-tranH با پروتئین rbcl اثر متقابل دارند. نتایج حاصل از تجزیه خوشه­ای، ماتریس تشابه و واریانس مولکولی و همچنین 1< dN/dS، همگی حاکی از وجود شباهت و حفاظت شدگی بالای توالی­ rbcl بین ژنوتیپ­های مورد مطالعه بود. نتیجه گیری کلی: نتایج نشان داد که برای بررسی روابط فیلوژنتیکی در سطح گونه توالی rbcl چندان مفید نیست لذا می­توان گفت که یکی از علل عدم موفقیت این ناحیه در تفکیک گونه­ها، تغییرپذیری کم آن در بین گونه­ها است.

کلیدواژه ها:

کاهو ، dN/dS ، لاکتوکسین ، تبارزایی ، rbcl