PROTEIN SECONDARY STRUCTURE ASSIGNMENT USING FUZZY LOGIC

سال انتشار: 1389
محل انتشار: دهمین کنفرانس سیستم های فازی ایران
کد COI اختصاصی: ICFUZZYS10_067
زبان مقاله: انگلیسی
تعداد مشاهده: 1502

نویسندگان

چکیده

The automatic assignment of the protein secondary structure from three dimensional coordinates is an essential step in the characterization of protein structure. There are several methods for assigning secondary structurefrom the three-dimensional structure based on different definitions. We developed a new algorithm for the protein secondary structure assignment, using fuzzy logic based on backbone angles. In this method, we assign a non negative number ranging from zero to one hundred to each residue to express the membership degree for being in a helix or betastrand. This method can be converted to the classical methods whenever we assume that any residue with membership degree greater than a selected cutoff be in a helix or beta strand structure. Comparison of the results with structures reported in PDB, DSSP and STRIDE for 4843 proteins show that our algorithm works as well as other classical methods. Also using fuzzy assignment in protein structural alignment, can lead us to an accurate results. FAssign is an online tool with a user-friendly interface, for assignment of proteins based on fuzzy assignment method(http://bioinf.cs.ipm.ir/softwares/fassign).

کلیدواژه ها

Protein structure, secondary structure assignment, fuzzy logic, protein alignment

مقالات مرتبط جدید

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.