بررسی اثر مهاری و ضد التهابی مشتقات جدید ایمیدازولی بر آنزیم COX-۲
- سال انتشار: 1399
- محل انتشار: بیست و یکمین کنگره ملی و نهمین کنگره بین المللی زیست شناسی ایران
- کد COI اختصاصی: BIOCONF21_0429
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 286
نویسندگان
گروه آموزشی زیست شناسی سلولی و مولکولی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه خوارزمی، تهران، ایران
گروه آموزشی زیست شناسی سلولی و مولکولی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه خوارزمی، تهران، ایران
گروه آموزشی زیست شناسی سلولی و مولکولی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه خوارزمی، تهران، ایران
چکیده
آنزیم سیکلواکسیژناز (COX)، آنزیمی دو عملکردی است که دارای دو ایزوفرم COX-۱ و COX-۲ می باشد. این آنزیم یک پروتئین غشایی اینتگرال هومودایمر و عرض غشایی است که هر زیرواحد آن از سه دومین تشکیل شده است: دومین فاکتور رشد اپیدرمی، دومین اتصال غشایی و دومین کاتالیتیک که محل جایگاه فعال آنزیم است. با توجه به مشارکت آنزیم COX-۲ در التهاب، مهار این آنزیم تبدیل به هدف مطلوبی برای محققان شده است. هدف در این پروژه بررسی اثر مهاری ۵ مشتق جدید ایمیدازولی است. جهت بررسی بهینه بودن اتصال مهارکننده ها با آنزیم COX-۲ (با در نظر گرفتن انرژی اتصال) فرایند داکینگ مولکولی با استفاده از نرم افزار Autodock Vina انجام شد و بهترین پوز اتصالی مهارکننده با آنزیم به عنوان ورودی مرحله شبیه سازی استفاده شد. شبیه سازی دینامیک مولکولی (MD) با استفاده از نرم افزار گرومکس ۲۰۱۸ و با استفاده از کد ۵ikr برای تمامی کمپلکس های مهارکننده و COX-۲ انجام شد. پس از تعادل رسانی تمامی سیستم ها در هنگرد NPT مرحله تولید به مدت ۱۲۰نانوثانیه انجام شد. آنالیز MM-PBSA برای تخمین انرژی آزاد اتصال در ۴۰ نانوثانیه آخر انجام شد. با بررسی نتایج به دست آمده مشخص شد سهم انرژی های واندروالس و الکترواستاتیک در انرژی آزاد اتصال بیشتر از سایر انرژی هاست. به علاوه دو ترکیب که کمترین انرژی اتصال را داشتند یعنی (-۱۲۹/۲۶۴ kcal/mol) ۵c و (-۱۴۷/۶۸۹ kcal/mol ) ۵eبرای مرحله سنتز انتخاب شدند. به علاوه میانگین ) RMSD انحراف جذر میانگین مربع) به عنوان معیاری برای ارزیابی ثبات کمپلکس ها، برای ترکیب ۵c، ۰/۱۸۹۰آنگستروم و ۵e، ۰/۱۸۲۱ آنگستروم بود که کمترین میزان انحراف نسبت به ساختار مرجع را در میان ترکیبات داشتند. در نتیجه با توجه به آنالیزهای انجام شده، دو ترکیب ۵c و ۵e مهارکننده های مطلوب تری برای آنزیم COX-۲ قلمداد و برای مرحله سنتز انتخاب شدند.کلیدواژه ها
التهاب، داکینگ مولکولی، شبیه سازی دینامیک مولکولی، آنالیز MM-PBSAمقالات مرتبط جدید
- Molecular Simulation of Water Transport through Polyamide Membrane in K+Cl- Salt Solution
- نانوکامپوزیت ها در دندانپزشکی
- Improving the characteristics of L-shaped graphene-based gas sensor using gold block on the surface
- Molecular Modelling of Gelatin Bundles for Atomistic Investigations Suggesting Two Stable Conformations
- بررسی تاثیر نانوذرات منیزیم بر جوانه زنی بذر و رشد گیاهچه بادرنجبویه Melissa officinalis
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.