بررسی فیلوژنتیکی جدایه های جدید ایرانی ویروس بادنای یک انجیر بر اساس ترادف ژن پروتئین حرکتی
- سال انتشار: 1396
- محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 9، شماره: 2
- کد COI اختصاصی: JR_JOAGK-9-2_008
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 596
نویسندگان
دانشجوی دکتری بیماری شناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران.
استادیار گروه بیماری شناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران.
استاد بخش تحقیقات بیوتکنولوژی میکروبی، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران (ABRII)، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی (AREEO)، کرج.
دانشیار گروه بیماری شناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس
چکیده
بیماری موزائیک انجیر گسترش جهانی دارد و به عنوان شایعترین بیماری ویروسی در انجیر شناخته میشود. یکی از مهمترین ویروسهایی که در این بیماری نقش دارد، ویروس بادنای یک انجیر (FBV-1) میباشد. در تحقیق حاضر، روابط فیلوژنتیکی بین جدایههای ایرانی و سایر جدایههای گزارش شده از این ویروس مورد بررسی قرار گرفت. با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژن رمز کننده پروتئین حرکتی ویروس، قطعهی مورد انتظار به اندازه تقریبی 1090 جفت باز از ژنوم ویروس تکثیر شد. قطعه ژنی 12 جدایه در پلاسمید pTZ57R/T همسانه و تعیین توالی شد. ترادفهای به دست آمده با ترادفهای موجود در بانک ژن مقایسه و پس از همردیفسازی چندگانه، درخت فیلوژنتیکی بر اساس ژن پروتئین حرکتی FBV-1 ترسیم شد. بر اساس آنالیز فیلوژنتیکی، جدایههای FBV-1 در دو گروه متمایز دستهبندی شدند و جدایههای ایرانی در دو زیرگروه با 99% مشابهت نوکلئوتیدی در گروه اول قرار گرفتند. در بررسی تبارزایی بر مبنای توالی اسیدآمینهای، جدایه های مورد بررسی در سه گروه با 99-98 % مشابهت قرار گرفتند. جدایههای ایرانی از تنوع ژنتیکی پایینتری در مقایسه با جدایههای آمریکایی برخوردار بودند و شرایط جغرافیایی در تنوع ژنتیکی جدایههای موجود تاثیر داشت.کلیدواژه ها
ویروس بادنای یک انجیر, آنالیز فیلوژنتیکی, ژن پروتئین حرکتیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.