کاربرد الگوریتم uMelt SM در آنالیز منحنی ذوب Real-time PCR
عنوان مقاله: کاربرد الگوریتم uMelt SM در آنالیز منحنی ذوب Real-time PCR
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-10-2_003
منتشر شده در شماره 2 دوره 10 فصل در سال 1397
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-10-2_003
منتشر شده در شماره 2 دوره 10 فصل در سال 1397
مشخصات نویسندگان مقاله:
اناهیتا خارابی ماسوله - دانش آموخته کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه علوم گیاهی و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوری زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران.
عباس سعیدی - هیئت علمی موسسه ملی گیاهان زینتی (NIOP)، تحقیقات باغبانی علوم، تحقیقات کشاورزی، آموزش و توسعه، محلات، ایران.
خلاصه مقاله:
اناهیتا خارابی ماسوله - دانش آموخته کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه علوم گیاهی و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فناوری زیستی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران.
عباس سعیدی - هیئت علمی موسسه ملی گیاهان زینتی (NIOP)، تحقیقات باغبانی علوم، تحقیقات کشاورزی، آموزش و توسعه، محلات، ایران.
یکی از چالشهای موجود در تفسیر نتایج qPCR ، اطمینان از اختصاصی بودن قطعات تکثیر شده است که برای بررسی آن از آنالیز منحنی ذوب استفاده میشود. پیکهای اضافی در منحنی ذوب همیشه نشان دهنده یک مشکل نیست، به همین منظور در این مقاله یک ابزار مبتنی بر وب به نام uMelt SM به عنوان راهکاری کاربردی و ساده برای آنالیز صحیح منحنی ذوب به محققین پیشنهاد میگردد که امکان پیشبینی منحنی ذوب DNA و پروفیلهای واسرشته سازی را با وضوح بالای فلورسنت از محصولات PCR فراهم میکند. نتایج این مطالعه نشان داد که منحنیهای ذوب براساس چه پارامترهایی تولید شده و الگوریتم مناسب برای نحوه کار با این نرم افزار ارائه گردید. در نهایت ژنهای اکتین و سوپراکسید دیسموتاز از قارچ Pyricularia oryzae به عنوان الگوی مناسب برای تعیین منحنی پیشبینی شده با استفاده از این نرمافزار ارائه گردید و منحنی Real-time PCR نیز ترسیم شد. براساس نتایج منحنی ذوب با استفاده از نرم افزار uMelt SM در مقایسه با منحنی ذوب دستگاه Real-Time PCR تطابق بالایی را نشان میدهد که این نتایج تاییدی بر مزیتهایی همچون سهولت استفاده، صرفهجویی در زمان، هزینه و تلاش در بخش تجربی با استفاده از این نرمافزار میباشد.
کلمات کلیدی: qPCR, منحنی ذوب, آزمایش, پیش بینی, uMelt SM
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/864826/