داکینگ مولکولی و آنالیز بیوانفورماتیکی جایگاه فعال آنزیم کلسترول اکسیداز
- سال انتشار: 1396
- محل انتشار: پنجمین کنگره ملی زیست شناسی و علوم طبیعی ایران
- کد COI اختصاصی: BSCONF05_023
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 2284
نویسندگان
آموزشکده فنی و حرفه ای سما، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد بندرعباس، ایران /مرکز تحقیقات پزشکی مولکولی،پژوهشکده سلامت هرمزگان، دانشگاه علوم پزشکی هرمزگان، بندرعباس، ایران
مرکز تحقیقات پزشکی مولکولی،پژوهشکده سلامت هرمزگان، دانشگاه علوم پزشکی هرمزگان، بندرعباس، ایران/گروه بیوشیمی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی هرمزگان، بندرعباس، ایران
آموزشکده فنی و حرفه ای سما، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد بندرعباس، ایران
چکیده
زمینه و هدف: کلسترول اکسیداز آنزیمی است که اکسیداسیون کلسترول را همراه با احیای اکسیژن مولکولی به پراکسیدهیدروژن انجام می دهد . این آنزیم توسط برخی میکروارگانیسم های بیماریزا و غیر بیماریزا تولید می شود و ازمهمترین آنزیم های تجاری است که کاربردهای وسیعی در صنایع مختلف پیدا کرده است. هدف از این مطالعه مدل سازی ساختار سه بعدی پروتیین و شناخت اسیدهای آمینه ضروری درجایگاه فعال آنزیم توسط داکینگ مولکولی با هدف مهندسی آنزیم می باشد. روشها: ابتدا توالی نوکلیوتیدی و پروتیینی از پایگاههای اطلاعاتی GenBank و Uniprot استخراج شدند. جهت بررسی اولیه توالی ، از برنامه Blast استفاده شد و بهترین الگوی پروتیینی دارای ساختار PDB جهت ساخت مدل سه بعدی انتخاب شد. بررسی مناطق حفاظت شده بین توالی آنزیم مورد مطالعه و پروییینهای هم خانواده آن با رویهم اندازی چندگانه با استفاده از برنامه ClustalW و ESpript انجام شد. ساختار سه بعدی آنزیم توسط همولوژی مدلینگ با برنامه Modeller ساخته شده و پس از ارزیابی و ترسیم نقشه راماچاندران، با روش شبیه سازی داکینگ مولکولی با کمک نرم اقزار Arguslab دنباله های آمینواسیدی ضروری در جایگاه فعال شناسایی شدند. . نتایج: نتایج داکینگ مولکولی نشان داد که چهار دنباله آمینواسیدی شامل Lys-340، His-55، Tyr-270 و Ser-322 نقش مهمی در شناسایی و برهمکنش با سوبسترا داشتند. برهمکنشهای مهم در واکنش آنزیمی هیدروفوبی و هیدروژنی بودندو پس از ترسیم برهمکنشها و بررسی مناطق حفاظت شده، دنیاله Ser-322 بعنوان بهترین کاندید جهت آزمایشات جهش زایی انتخاب شد. بحث و نتیجه گیری: نتایج بدست آمده نشان داد که داکینگ مولکولی می تواند ابزار مناسیی در آنالیز جایگاه فعال آنزیم کلسترول اکسیداز بوده و به طراحی منطقی مهندسی آنزیم کمک نماید.کلیدواژه ها
کلسترول اکسیداز، داکینگ مولکولی، مهندسی آنزیممقالات مرتبط جدید
- تولید آنتی بادی پلی کلونال مونواسپسیفیک جهت شناسایی باکتریهای جنس سالمونلا
- بررسی فراوانی سویه های مدرن و اجدادی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس بر اساس نشانگر TbD۱ در شمال غرب ایران
- The impact of the gut microbiome on metabolic, psychiatric, and immune diseases
- پیشگیری از سرطان خون سفری به سوی زندگی سالمتر
- Investigating the Effect of Pulegone and Neomenthol Compounds in Cancer Inhibition Using Molecular Docking
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.