تجزیه بیوانفورماتیکی ESTهای جداسازی شده از گیاه تحت تنش شوریAeluropus littoralis
- سال انتشار: 1393
- محل انتشار: دوفصلنامه مهندسی ژنتیک و ایمنی زیستی، دوره: 3، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_GEB-3-1_004
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 505
نویسندگان
دانشجوی دکتری پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران
دانشیار پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران
استاد، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، پژوهشکده ژنتیک و زیست فناوریکشاورزی طبرستان، ساری
استادیار پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران
چکیده
کاربرد بیوتکنولوژی در اصلاح گیاهان زراعی نیاز به منابع ژنتیکی برای تحمل به شوری وپایداری عملکرد دارد. گیاه آلوروپوس لیتورالیس (Aeluropus littoralis)مدل مناسبی برایپژوهش های ژنتیکی و درک ملکولی ساز و کارهای تحمل به شوری در تک لپه ای ها است. بهخصوص اینکه درصد بالای همولوژی با ژنهای برنج دارد. در این بررسی EST 150 که تحتتنش شوری از گیاه آلوروپوس لیتورالیس جداسازی شده بود را از بانک های اطلاعاتی دریافت وبعد از حذف توالی های تکراری، عملکرد احتمالی و شباهت آنها با داده های موجود در بانکداده ها بررسی شد. نتایج نشان داد که EST 71 با توالی های پروتیینی موجود در بانک داده هاشباهت داشت و عملکرد آنها نیز مشخص شد درحالیکه EST 14 با داده های موجود در بانکداده ها شباهت داشت اما عملکرد آنها در بانک داده ها مشخص نبود و همچنین EST 7نیز باهیچکدام از پروتیین های موجود در بانک دادهها شباهت نداشته و عملکرد آنها ناشناخته باقیماند. نتایج هم ردیفی EST های بررسی شده از نظر عملکردی نشان داد که EST های ایزوله شده،در 19گروه مختلف قرارگرفتند. EST 16در انتقال مواد (از گروه ژنهای ترانسپورتر) در گیاهفعالیت داشته، EST 13 ها در گروه پروتیین های ریبوزومی بوده که در ساختار ریبوزوم و عملترجمه دخالت دارند. سایر EST ها نیز در فعالیتهایی از قبیل تنظیم فعالیت کانالهای سلولی،ویرایش آر.ان.ا و تقسیم سلولی دخیل هستند. در مجموع نتایج پژوهش نشان داد که با توجه بهدرصد بالای همولوژی آلوروپوس لیتورالیس با ژن های برنج در مقایسه با سایر گیاهان، مهندسیژنتیک در این گیاه میتواند به تعیین تفاوت تحمل به شوری بین گیاهان گلایکوفیت و هالوفیتکمک کندکلیدواژه ها
آلوروپوسلیتورالیس،بانک داده ها،بیوانفورماتیک،تنش شوری،ESTمقالات مرتبط جدید
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.