A Simulated Annealing - Molecular Dynamic Approach for Conformational Sampling of full-length Amyloid-beta Peptide
- سال انتشار: 1394
- محل انتشار: هجدهمین همایش شیمی فیزیک ایران
- کد COI اختصاصی: ISPTC18_190
- زبان مقاله: انگلیسی
- تعداد مشاهده: 576
نویسندگان
Institute of Biochemistry and Biophysics, University of Tehran, Tehran, Iran
Department of Physical Chemistry, Chemistry and Chemical Engineering Research Center of Iran, Tehran,Iran
Institute of Biochemistry and Biophysics, University of Tehran, Tehran, Iran
Department of Physical Chemistry, Chemistry and Chemical Engineering Research Center of Iran, Tehran,Iran
چکیده
Intrinsically disordered proteins (IDPs) with relatively flat energy landscapes have flexiblestructures and do not fold to unique conformations. Therefore, these proteins sample arelatively large and diverse set of conformations under native conditions and must bedescribed as ensembles of interconverting conformations [1,2].Unfortunately, conventional molecular dynamic (CMD) simulations tend to producedisordered-state ensembles that are structurally too compact relative to experiments [3]. Toovercome this problem, we introduce a new conformation sampling protocol - a MDsimulation inspired from simulated annealing (SA) method [4]. We show that simulations ofan IDP (Amyloid-beta (Aβ) in this report) using this new protocol result in disordered statesthat are substantially more expanded and in better agreement with experiment.کلیدواژه ها
مقالات مرتبط جدید
- Molecular Simulation of Water Transport through Polyamide Membrane in K+Cl- Salt Solution
- نانوکامپوزیت ها در دندانپزشکی
- Improving the characteristics of L-shaped graphene-based gas sensor using gold block on the surface
- Molecular Modelling of Gelatin Bundles for Atomistic Investigations Suggesting Two Stable Conformations
- بررسی تاثیر نانوذرات منیزیم بر جوانه زنی بذر و رشد گیاهچه بادرنجبویه Melissa officinalis
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.