پیش بینی توالی مورد توافق کدون شروع ترجمه و ایجاد تمایز بین ژن های با بیان بالا و پایین در ژنوم گندم نان به کمک الگوریتم های کلاسیک و مبتنی برSVM
- سال انتشار: 1393
- محل انتشار: اولین کنگره بین المللی و سیزدهمین کنگره ژنتیک ایران
- کد COI اختصاصی: CIGS13_1213
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 1264
نویسندگان
دانشجوی دکتری، دانشگاه تهران، گروه زراعت و اصلاح نباتات، بخش ژنتیک مولکولی گیاهی
دانشجوی دکتری، دانشگاه تهران، گروه زراعت و اصلاح نباتات، بخش ژنتیک مولکولی گیاهی
دانشجوی دکتری، دانشگاه تهران، گروه زراعت و اصلاح نباتات، بخش ژنتیک مولکولی گیاهی
دانشجوی دکتری، دانشگاه تهران، گروه زراعت و اصلاح نباتات، بخش ژنتیک مولکولی گیاهی
چکیده
به منظور دستیابی به توالی های احتمالی مورد توافق (معروف به توالی های کزاک) واقع در 10 نوکلئوتید بالادست و پایین دست توالی شروع ترجمه TIS به ترتیب 286 و 228 توالی کدکننده پروتئینی با بیان بالا و پایین مربوط به ژنوم گندم مورد ارزیابی قرار گرفتند برمبنای مدل کاناور، بطور کلی، برای ژنهای با بیان بالا توالی مورد توافق cgccgCaGC(G/C)AUGGCG(a/g)g(G/C) gc(G/C)g و برای ژنهای با بیان پایین، توالی مورد توافق بدست آمد. در رابطه با جایگاه های 3-و+4 و+5 بازهایC و G ،G به ترتیب با مقادیر %52/86و71/72درصدو50/17درصددر مقایسه با سایر نوکلئوتیدها، بیشترین فراوانی را نشان دادند و بنابراین به ترتیب بصورتconsensus و consensus ،dominantنامگذاری شدند. علاوه براین، مشخص شد که جایگاه 5+، برخلاف جایگاه های 3- و 4+ در اکثر موارد با بازهای پیریمیدین (سیتوزین و تیمیدین) اشغال می شود. درضمن، با استفاده از نتایج بدست آمده از انواع الگوریتم های SVMیعنی SVM LibSVM و SVM PSO ،SVM Linear ،SVM Evolutionary ،SVM مشخص شد که این مدل ها بویژه دو الگوریتمSVM Linear و SVM توانایی قابل قبولی در رابطه با ایجاد تمایز بین توالی های با بیان بالا و پایین مربوط به ژنوم گندم دارا می باشند.کلیدواژه ها
توالی مورد توافق ، Mrna ، الگوریتم هایSVM ، مکان شروع ترجمه، گندم نانمقالات مرتبط جدید
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.