استنباط هاپلوتایپها از دادههای ژنوتایپ بر مبنای رویکرد پارسیمونی با استفاده از الگوریتم جستجوی هارمونی و گیپس سمپلینگ
- سال انتشار: 1393
- محل انتشار: اولین کنگره بین المللی و سیزدهمین کنگره ژنتیک ایران
- کد COI اختصاصی: CIGS13_1163
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 920
نویسندگان
دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر، دانشگاه صنعتی امیرکبیر، تهران، ایران
دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر، دانشگاه صنعتی امیرکبیر، تهران، ایران
دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر، دانشگاه صنعتی امیرکبیر، تهران، ایران
چکیده
دادههای هاپلوتایپ نقش بسزایی در مطالعات ژنتیکی از جمله بیماریهای پیچیده ژنی و مطالعات تکاملی ایفا میکند. از آنجایی که برخلاف ژنوتایپها، تعیین هاپلوتایپها از طریق آزمایشگاهی هزینهبر و زمانبر میباشد، توجه زیادی به استنباط هاپلوتایپها از طریق دادههای ژنوتایپ با استفاده از روشهای محاسباتی شدهاست. برخی از الگوریتم های ارائه شده برای حل این مسئله براساس قانون پارسیمونیاست. این قانون بیان میکند که تعداد هاپلوتایپهای متمایز در طبیعت بسیار کمتر از تعداد ژنوتایپهای متمایز است بنابراین از میان مجموعه هاپلوتایپهای ممکن، مجموعهای بهینهتر است که دارای کمترین کاردینالیتی باشد. مسئله استنباط هاپلوتایپها بر اساس بیشترین پارسیمونی NP- سخت است که به موجب آن، الگوریتمهای قطعی بر پایه پارسیمونی، محدود به یافتن جواب بر روی مجموعههای کوچک میشوند. در این مقاله، ما یک روش ابتکاری با استفاده از الگوریتم جستجوی هارمونی توسعه داده شده با گیپس سمپلینگ 2 ارائه کردهایم. کارایی این روش بر روی مجموعه ژنوتایپهای مختلفی تست شدهاست. آزمایشها نشان میدهد که این روش نسبت به الگوریتمهای موجود، جوابهایی با بیشترین پارسیمونی را بدست میآورد.کلیدواژه ها
استنتاج هاپلوتایپ، بیشترین پارسیمونی، جستجوی هارمونی، گیپس سمپلینگمقالات مرتبط جدید
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.