شناسایی سریع باکتری های ریزوسفری بر اساس ژن 16srRNA با استفاده از روش بیوانفورماتیکی BIBI
- سال انتشار: 1390
- محل انتشار: کنگره ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی
- کد COI اختصاصی: IBRC01_152
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 515
نویسندگان
دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران
دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران
موسسه تحقیقات خاک و آب بخش بیولوژی خاک
دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران
چکیده
در میان باکتری های ریزوسفری محرک رشد گیاه ) PGRP ( توجه زیادیبه باکتری های جنس ازتوباکتر و نقش آنها در افزایش رشد و سالمتگیاه شده است. با توجه به اهمیت این باکتری ها تلاش های زیادی برایشناسایی و استفاده از آنها صورت گرفته است، ولی تا کنون گزارشی مبنیبر شناسایی مولکولی این باکتری در کشور ارائه نشده است. در این تحقیقتعداد 15 نمونه خاک ریزوسفری از عمق 10 الی 30 سانتی متری مزارعتحت کشت گندم در استان های مختلف کشور جمع آوری گردید. بهمنظور جداسازی ایزوله ها از محیط کشت اختصاصی Jensen و خالصسازی آنها بر روی این محیط کشت استفاده گردید. شناسایی جدایه ها بااستفاده از ژن 16S rRNA و بر اساس ابزار بیوانفورمات کیی BIBI صورتگرفت. بدین منظور پس از استخراج DNA ژنومی ایزوله های جداسازیشده و تکثیر توالی 1500 جفت بازی این ژن با استفاده از پرایمرهایعمومی 27f و 1495r ، ناحیه تکثیر شده توالی یابی گردید. سپس توالیسویه مورد نظر با توالی سویه های ذخیره شده در بانک اطلاعات ژنی تطبیق داده شد و فاصله فیلوژنت کی آنها مشخص گردید. به منظور بررسیفاصله فیلوژنت کی از ابزار بیوانفورمات کیی BIBI که برای شناسایی باکتریها با استفاده از آنالیز توالی DNA طراحی شده است، استفاده گردید.این ابزار به طور همزمان از دو نرم افزار Blast و Clustal W استفادهمی کند و نتایج را به صورت 3 فایل متفاوت: ) 1( هم ترازی توالی، ) 2(درخت فیلوژنت کی و ) 3( فاصله های فیلوژنت کی ارائه می کند. در نهایتپس از ترسیم درخت فیلوژنت کیی مشخص شد که سویه مورد نظر متعلقبه جنس ازتوباکتر و گونه کروکوکوم می باشد. این مقایسه ارتباط میانم کیروارگانیسم ها را در سطح جنس در تمام شاخه های اصلی باکتریمشخص می سازد. علاوه بر این با ترسیم درخت فیلوژنت کی و تع یینفاصله فیلوژنت کی، سویه ها در سطح گونه نیز طبقه بندی خواهند شد.کلیدواژه ها
ازتوباکتر، PGRP، ژن 16SrRNA BIBIمقالات مرتبط جدید
- Molecular Simulation of Water Transport through Polyamide Membrane in K+Cl- Salt Solution
- نانوکامپوزیت ها در دندانپزشکی
- Improving the characteristics of L-shaped graphene-based gas sensor using gold block on the surface
- Molecular Modelling of Gelatin Bundles for Atomistic Investigations Suggesting Two Stable Conformations
- بررسی تاثیر نانوذرات منیزیم بر جوانه زنی بذر و رشد گیاهچه بادرنجبویه Melissa officinalis
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.