تکامل مولکولی پروتئین پوششی و p25 مربوط به جدایه های ایرانی ویروس زردی نکروتیک رگبرگ چغندر
- سال انتشار: 1391
- محل انتشار: چهارمین همایش بیوانفورماتیک ایران
- کد COI اختصاصی: IBIS04_160
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 801
نویسندگان
گروه بیماری شناسی گیاهی دانشگاه تربیت مدرس تهران
گروه بیماری شناسی گیاهی دانشگاه تربیت مدرس تهران
گروه بیماری شناسی گیاهی دانشگاه فردوسی مشهد
چکیده
به منظور مطالعه خصوصیات تکاملی جدایه های ایرانی ویروس زردی نکروتیک رگبر گ چغندر(BNYVV) ، توالی نوکلئوتیدیp25 و پروتئین پوششی(CP) آن تعیین شد و توالی آمینواسیدی حاصل از آن با استفاده از روشهای فیلوژنتیکی و تجزیه و تحلیل توالی بررسی شد. تجزیه و تحلیل تکاملی نشان داد ک ه CP بس یار حفاظ ت ش ده اس ت ام ا امک ان تقس یم بن دی جدای ه ه ا به س ه گ روه مش خص ش امل تی پ(K17T62V102S103L172) A ، تی پ B (172(K17S62V102N103F و تیپ (R17T62I102S103 L172) P وجود دارد. حفاظت شدگی بالا در توالی CP نشان داد که پوشش پروتئینی در عمل یا اعمالمهم، پایداری یا تکثیر در BNYVV مورد نیاز است. پروتئین p25 تغییرپذیری بیشتری نشان داد به خصوص در اسید امینه های موقعیت76 تا07 و قسمتهای مختلف رمزکننده p25 زیر فشارهای تکاملی مختلفی بود. بیشترین فشار انتخاب مثبت در موقعیت 86 مشاهده گردید که دومین اسید امینه ازموتیف چهارتایی (تتراد) است. نرخهای تکامل موتیف سیگنال هسته یاب (NLS) و موتیف انگشت روی (آمینواسیدهای 09-37) پایین بود(6/0-3/0) کهنشان دهنده اهمیت نقش این موتیفها در تکامل ویروس است. همچنین نرخ تکامل برای 31 اسید امینه اول در انتهای آمینی این پروتئین بسیار پایین بودکه ممکن است دارای عمل ناشناخته مهمی باشد. بر اساس یافته های حاصل از نرخهای تکاملی و فشارهای انتخاب در طول توالی p25 ، پیشنهاد می شودکه تلاشهای اصلاحگران روی انگشت روی و انتهای آمینی آن متمرکز شود که بهترین انتخاب برای هدف قرار دادن خاموشی RNA است.کلیدواژه ها
تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک، انتخاب مثبت، نرخ تکامل، ویروس گیاهیمقالات مرتبط جدید
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.