بررسی پروفایل عناصر تکراری ژنومی تکثیر یافته براساس تکنیک REP-PCR در تمایز گونههای لاکتوباسیل های جدا شده از محصولات لبنی سنتی
- سال انتشار: 1391
- محل انتشار: چهارمین همایش بیوانفورماتیک ایران
- کد COI اختصاصی: IBIS04_023
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 1179
نویسندگان
استادیار، دانشگاه آزاد اسلامی واحد پرند، گروه زیست شناسی، تهران، ایران
استادیار، دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران مرکزی، گروه زیست شناسی، تهران، ایران
چکیده
باکتری های اسید لاکتیک، گرم مثبت، بدون اسپور، اسیدوفیل و کاتالاز منفی هستند که در محیط ها و غذاهای مختلفی از جمله محصولات لبنی سنتی و غذاهای تخمیری حضور دارند. از طرفی به محصولات صنعتی به منظور افزایش بهبود کیفیت و سلامت بخشی اضافه می شوند. استفاده از لاکتوباسیل ها به عنوان پروبیوتیک ها، نیازمند بکارگیری روش های دقیق و قابل اطمینان جهت شناسایی باکتری ها در سطح سوش می باشد، چراکه بکارگیری تکنیک های بیوشیمیایی جهت متمایز نمودن گونه های نزدیک به هم کارآمد نمی باشد، زیرا بسیاری ازخصوصیات پروبیوتیکی وابسته به سوش می باشد. انگشت نگاری DNA براساس توالی های تکراری ژنومی با روش REP-PCR به عنوان یک روش تایپینگ قدرتمند، جهت تعیین روابط فیلوژنیک و تاکسونومی باکتری ها مطرح می باشد. از مزایای این روش می توان به سهولت انجام کار، صرفه جویی در وقت و هزینه اشاره نمود. لازم به ذکر است این روش قادر به متمایز نمودن سوش های بسیار نزدیک به هم در یک گونه می باشد. هدف از این مطالعه، ارزیابی و شناسایی تنوع ژنتیک سوش های لاکتوباسیل های جدا شده از منابع مختلف لبنی سنتی در ایران می باشد. 81 سوش از محصولات لبنی سنتی از قبیل ماست، پنیر، کشک، دوغ و ترخینه جداسازی و خالص سازی شدند. نمونه ها در محیط مایع Man Rogosa and Sharpe (MRS) کشت شدند، سپس در شرایط 8 درصد C02 و ˚C 37 بمدت 42-84 ساعت انکوبه شدند. سوشهای L. Plantaum DSMZ 6648 و L. johnsonii DSMZ 10533 به عنوان سوش های مرجع مورد استفاده قرار گرفتند. DNA ژنومی بر طبق دستورالعمل کیت Molecular Biological System Transfer (MBST) استخراج گردید. انگشت نگاری DNA با پرایمر REP-I جهت ژنوتایپیگ ایزوله ها انجام شد. ضریب تشابه SM و فاصله ژنتیکی Nei's بین سوش های مورد مطالعه، جهت گروهبندی ژنوتیپ هابا روش های UPGMA و NJ ارزیابی شد. پروفایل REP-PCR نشان داد که هجده ایزوله مورد مطالعه الگوی باندینگ متفاوتی ارائه دادند.9محصول PCR قابل رویت بین bp 550- 2500 مشاهده شد. در کل، از 9 باند حاصل شده ،8 باند پلی مرف یک باند مونومرف و ا باند یونیک حاصل شد. باند bp 1000 مشترک در تمام ایزوله ها بود. باند bp 550 فقط در ایزوله c6m3 مشاهده شد. روش های گروهبندی مختلفی بر روی داده های مولکولی (با استفاده از نرم افزار Darwin و NTSYS) انجام گرفت و نتایج مشابهی در پی داشت که با آنالیزPCA نیز تاییدگردید. در دندروگرام حاصله دو کلاستر اصلی ایجاد شد. در تمامی آنالیزها ایزوله c2h1 و k2l3 با bootstrap 97% با هم در یک گروه قرار گرفتند. بنابراین می توان ادعا کرد که روش REP-PCR یک روش کاربردی و بسیار حساس در تمایز ایزوله های مورد مطالعه می باشد. این تحقیق اولین گزارش مبنی بر بکارگیری روش مولکولی REP-PCR در بررسی فیلوژنتیکی باکتری های پروبیوتیک بومی ایران می باشد.کلیدواژه ها
لاکتوباسیلوس، تنوع ژنتیکی، انگشت نگاری REP-PCRاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.