A Novel Method for Inference of Genetic Regulatory Networks Using Time Series Microarray Data and Gene Ontology
- سال انتشار: 1392
- محل انتشار: کنگره ملی مهندسی برق، کامپیوتر و فناوری اطلاعات
- کد COI اختصاصی: CECIT01_796
- زبان مقاله: انگلیسی
- تعداد مشاهده: 1272
نویسندگان
Biomedical Engineering Department, Amirkabir University of Technology
Biomedical Engineering Department, Amirkabir University of Technology
Biomedical Engineering Department, Amirkabir University of Technology
چکیده
Bayesian Network (BN) models have been used in reconstructing Gene Regulatory Networks (GRNs) from gene expression microarray data for their advantages. However,using only microarray data is not sufficient for accurate estimating a GRN. Here, a novel two step method is proposedfor reconstructing GRNs using both time series microarray dataand Gene Ontology (GO): first, genes are divided into some groups based on GO annotations and then BN is applied toinfer the gene relations in each group. In the latter step, a combination of GO and microarray data is used to evaluatedifferent network structures and find the optimal one. This method is applied to reconstruct the regulatory network of 84 yeast genes. Comparing the simulation results with the KEGGpathway map shows that the method improves the accuracy of the estimated gene network from 62% to 73% and the sensitivity by increasing the number of True Positives from 55 to 82.کلیدواژه ها
Bayesian Network; BN; Gene Regulatory Network; GRN; Gene Ontology; GO; Time Series Microarray Data;مقالات مرتبط جدید
- سیستم تشخیص نفوذ در محیط رایانش ابری با استفاده از یادگیری ویژ گی
- کاهش هزینه تعمیراتی ماشین های سنگین از طریق بهبود الگوریتم درخت تصمیم با الگوریتم های انتخاب ویژگی Information Gain ،Correlation و SVM
- پردازش کوانتومی تصاویر پزشکی و تشخیص لبه آن با استفاده از الگوریتم QHED
- بررسی و مقایسه روشهای تشخیص اکانت های جعلی در شبکه های اجتماعی
- مکان یابی و مقدار بهینه منابع تولید پراکنده به منظورکاهش تلفات و بهبود انحراف ولتاژ شبکه نامتعادل توزیع
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.