مطالعه پویش کل ژنوم جهت شناسایی جایگاه های ژنتیکی مرتبط با بیماری لکوز در گاوهای هلشتاین ایران
- سال انتشار: 1403
- محل انتشار: فصلنامه تولیدات دامی، دوره: 26، شماره: 3
- کد COI اختصاصی: JR_JAP-26-3_001
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 89
نویسندگان
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران. رایانامه: arjmand.farnaz@ut.ac.ir
نویسنده مسئول، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران. رایانامه: hmoradis@ut.ac.ir
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران. رایانامه: moradim@ut.ac.ir
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران. رایانامه: h-mohammadi۶۴@araku.ac.ir
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، پردیس بین المللی ارس، دانشگاه تهران، جلفا، ایران. رایانامه: javannikkhah@yahoo.com
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران. رایانامه: y.devisty@ut.ac.ir
چکیده
عفونت ویروس لوسمی گاوی (BLV) بیش تر در گله های شیری شیوع داشته و به دلیل محدودیت های تجاری و مرگ ومیر ناشی از لنفوسارکوم باعث ضررهای اقتصادی مستقیم می شود که هم چنین با کاهش تولید شیر و افزایش نرخ حذف نیز مرتبط می باشد. هدف از این پژوهش، مطالعه پویش کل ژنوم (GWAS) برای شناسایی مناطق ژنومی و ژن های کاندیدا مرتبط با عفونت به BLV بود. این مطالعه با استفاده از گاوهای هلشتاین ایران که به طور طبیعی به BLV آلوده شده بودند، انجام گرفت. بدین منظور از ۱۵۰ راس گاو هلشتاین در یکی از گاوداری های صنعتی اصفهان، نمونه خون جمع آوری و از آن ها استخراج DNA و سرم انجام گردید. سپس نمونه های DNA آماده شده با استفاده از تراشه های k۳۰ (SNPchip۳۰k) (توسط شرکت ایلومینا) تعیین ژنوتیپ شدند. کنترل کیفیت نشانگرهای تعیین ژنوتیپ شده براساس شاخص های فراوانی آلل نادر (۰۵/۰ PMAF < )، ژنوتیپ از دست رفته (۰۵/۰PMIND > )، نرخ تعیین ژنوتیپ (۰۵/۰PGENO> ) و تعادل هاردی-واینبرگ (۶-۱۰×۱PH-W < ) توسط نرم افزار PLINK انجام شد. بعد از آنالیز کنترل کیفیت ۱۴۵ راس گاو (۷۷ بیمار و ۶۸ شاهد) و ۲۲۸۶۸ نشانگر برای ادامه آنالیز باقی ماند. پس از انجام آنالیز پویش ژنوم در برنامه PLINK در نهایت هشت نشانگر بالاتر از حد آستانه معنی داری، شناخته شدند که بیش ترین نشانگرهای معنی دار در کروموزوم های ۱۷ و ۲۱ قرار داشتند. با بررسی بیوانفورماتیکی مناطق ژنومی معنی دار با استفاده از پایگاه های برخط ensemble و genecards، ژن های مرتبط با نشانگرهای معنی دار انتخاب شده، شناسایی شدند که مهم ترین آن ها GRK۴، TP۵۳BP۱، SCAPER، GLRB، PDGFC، TNIP۲، PSTPIP۱، CEP۳۵۰، MR۱، TOM۱L۲، SREBF۱، COPS و TNFRS۱۳B بود.کلیدواژه ها
ژنوتیپ, لنفوسیت, لوسمی گاوی, GWAS, SNPاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.