شناسایی miRNAهای حفاظت شده و ژن های هدف آنها در گل محمدی (Rosa damascena Mill)
- سال انتشار: 1401
- محل انتشار: مجله علمی تحقیقات ژنتیک و اصلاح گیاهان مرتعی و جنگلی ایران، دوره: 30، شماره: 2
- کد COI اختصاصی: JR_IJRFP-30-2_002
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 173
نویسندگان
Ph.D. Student, Dept. Agriculture and Plant Breeding, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, I.R. Iran.
Assist. Prof., Dept. Agriculture and Plant Breeding, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, I.R. Iran.
Prof., Dept. Agriculture and Plant Breeding, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, I.R. Iran.
Assoc. Prof., Dept. Agriculture and Plant Breeding, School of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, I.R. Iran.
Assist. Prof., Chemical Industries Development Research Institute, Karaj, I.R. Iran.
چکیده
ژن های (miRNAs)، عناصر تنظیم کنندهای هستند که نقش اصلی آنها کاهش بیان ژن در سطح mRNAها است. miRNA ها همچنین در چندین مسیر گیاهی مرتبط با فعالیت های مهم سلولی مانند رشد، تکثیر، تمایز، مورفوژنز، آپوپتوزیز و پاسخ به تنش های غیر زیستی و زیستی نقش های مهمی ایفا می کنند. این تحقیق به منظور شناسایی miRNAهای حفاظت شده و ژن های هدف آنها با استفاده از داده های توالی یابی نسل جدید در گل محمدی (Rosa damascena Mill.) انجام شد. اگرچه روش های بیوانفورماتیک به عنوان کارآمدترین راهبرد برای شناسایی miRNA هدف توسعه یافته اند، راهبرد های آزمایشی با کارایی بالا هنوز بسیار مورد تقاضا هستند. برای شناسایی miRNAهای جدید، پیش بینی و تعیین هستی شناسی ژن های هدف درگیر در مسیر تولید رایحه و رنگ در گل محمدی به ترتیب از ابزارهای بیوانفورماتیکی Cmii، psRNATarget، WEGOو Blast۲GO به علاوه روش آزمایشگاهی (Real-time PCR) استفاده شد. با استفاده از داده های EST و RNA-seq مبتنی بر همولوژی گیاه Rosa lucieae در نهایت چهار خانواده miRNA، شامل: miR۵۰۲۱، miR۲۶۷۳، miR۱۵۶ و miR۸۳۸ به عنوان miRNAهای نامزد انتخاب شدند. در مرحله بعد برای ارزیابی کمی Real-time PCR برای اعتبارسنجی سطح بیان miR۵۰۲۱ منتخب در دو نمونه (سفید و صورتی) و مرحله بیولوژیکی (جوان و غنچه) گل محمدی، محلول پاشی با غلظت های صفر (شاهد) و ۳۰۰ میکرومولار متیل جاسمونات به مدت ۴۸ ساعت بیشترین بیان نسبی miR۵۰۲۱ متعلق به نمونه صورتی رنگ را در مرحله نموی جوان نشان داد. این یافته ها مطالعات چشم انداز آینده را در مورد سازوکارهای تنظیمی miRNAها درRosa damascena سرعت می بخشد.کلیدواژه ها
EST, MicroRNA, RNA-seq, Bioinformatics, non-coding RNA, target genesاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.