بررسی فیلوژنتیکی دو جدایه ایرانی ویروس خراشک حلقوی میخک بر اساس ترادف بخشی از ژن تولیدکننده اینکلوژن بادی
- سال انتشار: 1391
- محل انتشار: سومین همایش ملی بیوتکنولوژی کشاورزی ایران (گیاهی، دامی و صنعتی)
- کد COI اختصاصی: AGRIBIOTECH03_277
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 776
نویسندگان
دانشجوی کارشناسی ارشد، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد
استاد گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد
استاد گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد
چکیده
ویروس خراشک حلقوی میخک Carnation etched ring virus از خانواده Caulimoviridae به عنوان دومین ویروس مهم میخک محسوب می شود. به منظور بررسی تنوع، ترادف ژن تولیدکننده اینکلوژن بادی IB در دو جدایه ایرانی این ویروس (چناران و محلات) با سایر جدایه ها مقایسه گردید. تشخیص اولیه CERV با استفاده ازآزمون سرولوژیکی الایزای غیر مستقیم Indirect-ELISA صورت گرفت. دی. ان.ای کل از نمونه های آلوده استخراج و با بکارگیری یک جفت آغازگراختصاصی قطعه ای به اندازه 1500 جفت باز و واقع در ناحیه اینکلوژن بادی به روش PCR شد. محصول PCR تعیین ترادف شده و اطلاعات حاصل از تعیین ترادف با ترادف جدایه های هلند و هند (به ترتیب با شماره های دسترسی NC-003498 و AJ853858 و نیز تعدادی از کائولیموویروس ها در بانک ژن مقایسه شد. در نهایت به کمک نرم افزار MEGA5 درخت فیلوژنتیکی ترسیم گردید. مقایسه ترادف های نوکلئوتیدی نشان داد که شباهت دو ایزوله ایرانی به یکدیگر 92/2% و با سایر جدایه های موجود در بانک ژن بین 90 تا 99/4 % است. جدایه محلات بیشترین شباهت را با جدایه هند داشته و بیشترین تغییرات آمینواسیدی در جدایه هلند مشاهده گردید. همچنین نتایج این آنالیز نشان می دهد که تفاوت چشمگیری در سطح آمینواسیدی 60/6 - 92/2 % بین توالی های ناحیه اینکلوژن بادی IB در بین کائولیموویروس ها وجود دارد.کلیدواژه ها
الایزای غیرمستقیم، اینکلوژن بادی، ویروس خراشک حلقوی میخکمقالات مرتبط جدید
- رویکرد اخیر صیادان در تنوع بخشی بهابزار صید گرگور به منظور استحصال آبزیان خلیج فارس (بندر بوشهر)
- نقش منابع طبیعی و محیط زیست در امنیت غذایی
- تهیه فرآورده های پروتئینی از آبزیان
- بررسی پیشرفت های اخیر در پژوهشهای بیوتکنولوژی مواد غذایی
- تغییرات شیمیایی رخ داده در طی فرآیند سرخ کردن در روغن زیاد بر اساس برخی محصولات واکنش
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.