شناسایی مقیاس گسترده نشانگرهای مولکولی ریزماهواره از طریق توالی یابی RNA در گیاه دارویی بومادران
- سال انتشار: 1402
- محل انتشار: پژوهشنامه اصلاح گیاهان زراعی، دوره: 15، شماره: 46
- کد COI اختصاصی: JR_JCB-15-46_015
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 221
نویسندگان
Department of Genetics and Plant Breeding, Ahvaz Branch, Islamic Azad University, Ahvaz, Iran
Department of Genetics and Plant Breeding, Ahvaz Branch, Islamic Azad University, Ahvaz, Iran,
Molecular Biotechnology Department, National Institute of Genetic Engineering and Biotechnology, Tehran, Iran
چکیده
چکیده مبسوط مقدمه: گیاه دارویی بومادران (L.Achillea millefolium ) به دلیل داشتن کارکردهای مختلف دارویی و صنعتی یکی از گونه های با ارزش در مراتع ایران و جهان است. مواد و روش ها: در این مطالعه، از توالی یابی ترنسکریپتوم برگ و گلآذین بومادران با استفاده از پلتفرم ۲۵۰۰ Illumina Hiseq جهت شناسایی نشانگرهای ریزماهواره استفاده شد. یافته ها: طبق نتایج توالی یابی نوپدید حاصل از نمونه های به دست آمده از گیاه دارویی بومادران کشت شده در موسسه تحقیقات مراتع و جنگل های کشور، ۹۴۵۰ توالی تک رونوشت (۶۹۲۰ توالی تک ژن) حاوی ۱۰۵۷۰ ریزماهواره بالقوه یافت شد. فراوان ترین نوع ریزماهواره ها، دینوکلئوتیدها (۶۲ %)، بعد از آن تری نوکلئوتید (۲۷۴۸ عدد، ۲۶ %)، مونوکلئوتیدها (۷%) بودند. مجموعا، ۶۹ درصد ریزماهواره ها از نوع ریزماهواره کلاس دوم (۱۰ تا ۲۰ نوکلئوتید) و ۳۱ درصد از نوع ریزماهواره کلاس اول (بیش از ۲۰ نوکلئوتید) بودند. فراوانی ریزماهواره ها در ترانسکریپتوم گلآذین یک در هر ۱۰ کیلوباز توالی یکپارچه شده بود. درتفسیر تک ژن ها مجموعا ۱/۷۶۲ (۲۲/۳ %)، ۴۷۲۳ (۵۳/۳ %)، ۳۷۱۴ (۴۷/۵ %)، ۴۵۱۷ (۵۱/۳ %) و ۵۱۸۹ (۶۰/۷ %) تک ژن از همه کتابخانه ها بهترتیب به پایگاه های داده KAAS، آرابیدوپسیس، UniProt، پروتئین های Non-redundant پایگاه NCBI و آفتابگردان گزارمان شدند. در بین۸۵۴۲۱ توالی تک ژن حاوی تکرارهای ریزماهواره، تعداد ۳۸۴۴۰ توالی تک ژن (۴۵ %) دارای دسته بندی کارکردی و همه ی تک ژن ها در ۵۲ دسته قرار داشتند. نتیجه گیری: در میان همه تک ژن های دسته بندی شده ۳۲۲۰ تک ژن ( ۶۵ درصد) به دسته "فرایند متابولیکی" متعلق بود که از میان آنها ۹۰ تک ژن (۳ %) به دسته "فرایند متابولیکی ثانویه" تخصیص داشت. معرفی این نشانگرها می تواند برای مطالعات آینده انتخاب به کمک نشانگر، تنوع ژنتیکی و ساخت نقشه های ژنتیکی در این گیاه دارویی مورد بهره برداری قرار گیرد.کلیدواژه ها
De novo, Functional annotation, Genetic variation, Transcriptome, ترنسکریپتوم, تنوع ژنتیکی, گزارمان کارکردی, نوپدیداطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.