روش های مولکولی تجزیه و تحلیل بیان ژن در گیاهان در سطح ترنسکریپتوم
- سال انتشار: 1402
- محل انتشار: پژوهشنامه اصلاح گیاهان زراعی، دوره: 15، شماره: 45
- کد COI اختصاصی: JR_JCB-15-45_008
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 147
نویسندگان
Urmia University
Urmia University
Azarbaijan Shahid Madani University
چکیده
چکیده مبسوط مقدمه و هدف: تنش های محیطی از قبیل تنش خشکی، شوری، سرما و گرما به عنوان یکی از پیامدهای تغییر اقلیم از عوامل عمده کاهش در محصولات کشاورزی هستند. بررسی بیان ژن ها (مطالعات ترنسکریپتومیک) نقش اساسی در درک سازوکار گیاهان در مقابله با تنش های محیطی دارند. بیان ژن فرآیندی است که طی آن اطلاعات رمزگذاری شده در ژن به صورت رونوشت (Transcript) تهیه می شود که غالب اوقات خود رونوشت یا محصول پروتئینی آن در فرایندها و مکانیسمهای مختلف مولکولی در سلول و نهایتا حیات ارگانیسم درگیر می شود. ارزیابی سطح بیان ژن گام مهمی در جهت روشن نمودن عملکردهای ژنی به لحاظ زمانی و مکانی است. مواد و روش ها: مقاله حاضر یک مقاله مروری می باشد که به شیوه تحلیل محتوا (Content analysis) با جستجوی کلید واژههای تجزیه ترنسکریپتوم، توالییابی آرانای، هیبریداسیون کاهشی بازدارنده، ریزآرایه، واکنش زنجیرهای پلیمراز در مقالههای مرتبط در پایگاههای اینترنتیGoogle Scholar ،Web of Science ،PubMed و Scopus بدست آمده است. یافته ها: دهه ها پیش، مطالعات بر روی ژن ها به صورت محدود و عمدتا به روش هایی از قبیل نوردرن بلات، وسترن بلات، هیبریداسیون ریزآرایه، هیبریداسیون کاهشی (Subtractive hybridization)، هیبریداسیون حذفی کاهشی (Suppression subtractive hybridization)، واکنش زنجیرهای پلیمراز در زمان واقعی (Real time polymerase chain reaction) متمرکز بود، در حالی که اکنون محققان قادر به بررسی یکباره ژنوم از طریق روش های مبتنی بر توالی یابی (Sequencing based approaches) شامل روش توالی یابی RNA هستند. ارتقاء سطح توانمندی به معرفی رویکردهای سیستم بیولوژی کمک میکند که به موجب آن شبکه های عملکردی سلول را می توان در تمامیت آنها موشکافی کرد تا اجزای بالقوه فعل و انفعالات عملکردی روشن شود. ظهور زیست شناسی سیستم ها همراه با پیشرفت های شگرف در فناوری امکان شناسایی سریع همه رونوشت های RNA موجود در نمونه های بیولوژیکی مورد مطالعه را فراهم می نمایند. با این وجود، فناوری های قبلی که محدود به بررسی ژن های منفرد یا زیرمجموعه ای از ژن ها بودند، هنوز جایگاه خود را در آزمایشگاه های تحقیقاتی حفظ کرده اند. نتیجه گیری: هدف در اینجا تشریح انواع روش های مورد استفاده در تجزیه و تحلیل بیان ژن در پاسخ گیاهان به تنش های زنده و غیرزنده است. انتخاب روش و یا استراتژی مورد استفاده بسته به سطح فناوری، هزینه اجرا و محدودیت روش ها انجام می شود. هنگام انتخاب روشی برای یک تحقیق خاص، باید در نظر داشت که محدودیت ها از نظر روش شناختی یا آماری به حداقل برسند تا نتایج قابل اعتماد و تکرارپذیر حاصل شود.کلیدواژه ها
Microarray, Polymerase chain reaction, RNA sequencing, Suppression subtractive hybridization, Transcriptome analysis, تجزیه ترنسکریپتوم, توالییابی آر ان ای, ریزآرایه, واکنش زنجیرهای پلیمراز, هیبریداسیون کاهشی بازدارندهاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.