The investigation into the effect of the length of RGD peptides and temperature on the interaction with the αIIbβ۳ integrin: a molecular dynamic study
- سال انتشار: 1401
- محل انتشار: اولین کنفرانس بین المللی تحقیقات پیشرو دانشجویان نانو فناوری
- کد COI اختصاصی: NANOCDSTS01_003
- زبان مقاله: انگلیسی
- تعداد مشاهده: 161
نویسندگان
Department of Medical Physics and Biomedical Engineering, Shahada Behest University of Medical Sciences, Tehran, Iran
The Physics Branch of Iran Academy of Sciences
Physiology Research Center, Faculty of Medicine, Iran University of Medical Sciences, Tehran, Iran
چکیده
The tripeptide Arg-Gly-Asp acid (RGD) is a protein sequence in the binding of proteins to cell surfaces, and is involved in various biological processes such as cell adhesion to the extracellular matrix, platelet activation, hemostasis, etc. The C۲ domain of the Von Willebrand Factor (VWF), containing the RGD motif, plays an important role in the initial homeostasis process. It binds to the αIIbβ۳ integrin and stimulates platelet aggregation. We have investigated, using the Molecular Dynamic (MD) simulation method, the effect of the RGD-peptide length, and temperature variation, on the binding to the αIIbβ۳ integrin receptor. We examined ۱۰ different structural modes of the αIIbβ۳ at three different temperatures; ۲۳۷K, ۳۱۰K and ۳۱۸K. Our findings show that the amino acids that form a binding pocket include Asp۲۲۴, Tyr۲۳۴, Ser۲۲۶, Tyr۱۹۰, Tyr۱۸۹, Trp۲۶۰, Trp۲۶۲, Asp۲۵۹, Lys۲۵۳, Arg۲۱۴, Asp۲۱۷, Ser۱۶۱ and Ala۲۱۸ and that the ligand-receptor interaction was increased at higher temperatures. It was also found that the increase in the number of ligands’ amino acids and their types (% glycine) plays an important role in the stability, conformation, and ligand-receptor interaction.کلیدواژه ها
Molecular Dynamic, RGD containing peptides, αIIbβ۳ integrin, Active site, Von Willebrand Factorمقالات مرتبط جدید
- ؛ GRP-۷۸ سنتز و بهینه سازی نانوکامپوزیت آهن نیکل جهت تخلیض ایمونوگلوبولین
- نانوکامپوزیت مبتنی بر کربوکسی متیل سلولز: یک ماده زیستی امیدوار کننده برای کاربردهای زیست پزشکی
- Multi component Reaction of Isoquinoline, Dialkyl acetylenedicarboxylate, Aldehydes and Dimedone Catalyzed by Bio-CuO-NPs
- Synthesize of forward osmosis membrane with Zinc Oxide interlayer for enhanced water desalination
- Co-doping effects in CdWO۴ scintillator thin film as alpha counters: Ag and Gd case
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.