Comprehensive RNA, protein interaction and SNP analysis of CAX۱ in the Arabidopsis thaliana: integrated systems biology approach
- سال انتشار: 1400
- محل انتشار: اولین همایش بین المللی و دهمین همایش ملی بیوانفورماتیک ایران
- کد COI اختصاصی: IBIS10_127
- زبان مقاله: انگلیسی
- تعداد مشاهده: 106
نویسندگان
Department of Biology, Payame Noor University (PNU), Tehran, Iran
Department of Biology, Payame Noor University (PNU), Tehran, Iran
Department of Biology, Payame Noor University (PNU), Tehran, Iran
Department of Biology, Payame Noor University (PNU), Tehran, Iran
چکیده
Calcium exchanger ۱ (CAX۱) is the encoder of vacuolar Ca۲+/۳H+ antiporter. This protein involvesregulating Ca۲+ levels in the Arabidopsis thaliana. In this study, we performed a protein-protein networkanalysis to demonstrate the possible regulatory gene network of the transporter Ca۲+/۳H+ in the ArabidopsisThaliana. After literature mining, we indicated the protein-protein interaction network of the CAX۱ gene inthe Arabidopsis by STRING online software. The miRNA-mRNA interactions analysis of the selected geneswas performed by the miRWalk ۲.۰ online database. The analysis of single nucleotide polymorphism (SNP)was performed by miRNASNP-v۳. Based on this network analysis, the CAX۱ has significant proteininteractions with CAX۳, TPC۱, CAX۱۱, ACA۱۱, CXIP۴, SOS۲, SSE۱, NHX۱, T۲۲C۵.۲۳, and ECA. Thereis no possible Arabidopsis microRNA interaction with the selected genes. However, there is a significantmicroRNA interaction with hsa-miR-۶۸۹۴-۳p and SOS۲ in the ۳UTR position (Score: ۱.۰۰). Amongmentioned genes, TPC۱ is a key regulatory network in the conductance of sodium and calcium ions and theintravascular pH. ACA۱۱ is a ATPase in the mature vacuole membrane expressed in transgenic plants andvisualized in root cells. Based on miRNA SNP, rs۱۳۱۴۱۷۹۱۰۵ is an innovative and significant SNP on the۳UTR region of the SOS۲ gene (۱۴ gains and ۱۵ losses). The expression level and RNA interactions of thementioned genes are highly recommended to be evaluated in the Arabidopsis thaliana, bioinformatically andexperimentally.کلیدواژه ها
Arabidopsis Thaliana, protein interaction, gene network, SNP, CAX۱مقالات مرتبط جدید
- نقش طب آیورودا، صابون های درمانی و روغن های گیاهی در سلامت و آرامش گردشگریسلامت و توریسم درمانی"
- اثر ارتفاع بر برخی از خصوصیات مورفولوژیکی harmala Peganum و تنوع ژنوتیپی در ۳ منطقه از استان مازندران
- تهیه و کاربرد نانوذرات نقره دوپ شده با هیدروکسیآپاتیت مشتق شده از استخوان مرغ در کاهش رنگ متیلن بلوMB
- بررسی اثر ترکیب هورمونی، شرایط نوری و نوع ریسنمونه بر کبلوسزایی گیبه دارویی گسنهUrtica dioica L
- تاثیر تنش شوری وبرخی بهبود دهنده ها بر محتوای فلاوونوئیدی و آنتوسیانینی گیاه کاملینا
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.