Bioinformatic tools for microRNA dissection and identify thier target genes in sugarcane
- سال انتشار: 1400
- محل انتشار: اولین همایش بین المللی و دهمین همایش ملی بیوانفورماتیک ایران
- کد COI اختصاصی: IBIS10_089
- زبان مقاله: انگلیسی
- تعداد مشاهده: 162
نویسندگان
Faculty of Agriculture, Shahid Chamran University of Ahvaz
Department of Plant Production Engineering and Genetics, Faculty of Agriculture, Shahid Chamran University of Ahvaz
Department of Plant Production Engineering and Genetics, Faculty of Agriculture, Shahid Chamran University of Ahvaz
Department of Plant Production Engineering and Genetics, Faculty of Agriculture, Shahid Chamran University of Ahvaz
چکیده
Recently, microRNAs (miRNAs) have emerged as important elements of gene regulatory networks. MiRNAsare endogenous single-stranded non-coding RNAs (∼۲۲-nt long) that regulate gene expression at the posttranscriptionallevel. Through pairing with mRNA, miRNAs can down-regulate gene expression by inhibitingtranslation or stimulating mRNA degradation. In some cases they can also up-regulate the expression of atarget gene. Sugarcane is an important industrial crop accounting for nearly ۸۵% of sugar producedworldwide and it is fast becoming an energy crop for the production of bio-fuel ethanol. Waterlogging is oneof the serious environmental constraints for optimum growth and yield of sugarcane. Current research hasshown that microRNAs (miRNAs) play vital roles in plant response to stresses caused abiotic stress such aswaterlogging.The expression of six candidate miRNAs and their targets were validated using quantitative real-time PCR(qRT-PCR) technology. To identify the mechanisms involved in miRNA-mediated tolerance, it wasnecessary to first identify the miRNA-modulated genes by bioinformatics mthodes. The mature miRNAsequences were obtained from the miRbase database, and miRNA-modulated genes were predicted usingpsRNATarget software. Target annotation (biological process, molecular function, and subcellularlocalization) was performed using Gene Ontology and Uniprot online tools. Co-expression networks wereconstructed using the GeneMANIA prediction server software, with default analysis parameters. Arabidopsisthaliana and sorghum bicolor were used as the reference genome for all analyses.Our results showed that miRNAs and their respective target genes were differentially expressed insugarcane seedling leaves exposed to waterlogging stress. Relative expression data revealed significantdifferences between miR۱۶۰, miR۱۶۶, miR۱۷۱, miR۳۹۳, miR۳۹۶ and miR۳۹۸ expression levels in sugarcaneleaves under waterlogging stress. The predicted target genes regulated by the evaluated miRNAs also showsignificant difference in relative expression.کلیدواژه ها
Bioinformatic, Gene ontology, miRNA, Target genesمقالات مرتبط جدید
- نقش طب آیورودا، صابون های درمانی و روغن های گیاهی در سلامت و آرامش گردشگریسلامت و توریسم درمانی"
- اثر ارتفاع بر برخی از خصوصیات مورفولوژیکی harmala Peganum و تنوع ژنوتیپی در ۳ منطقه از استان مازندران
- تهیه و کاربرد نانوذرات نقره دوپ شده با هیدروکسیآپاتیت مشتق شده از استخوان مرغ در کاهش رنگ متیلن بلوMB
- بررسی اثر ترکیب هورمونی، شرایط نوری و نوع ریسنمونه بر کبلوسزایی گیبه دارویی گسنهUrtica dioica L
- تاثیر تنش شوری وبرخی بهبود دهنده ها بر محتوای فلاوونوئیدی و آنتوسیانینی گیاه کاملینا
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.