Distribution of HLA alleles in malignant tissues of patients with hepatocellular carcinoma

  • سال انتشار: 1400
  • محل انتشار: اولین همایش بین المللی و دهمین همایش ملی بیوانفورماتیک ایران
  • کد COI اختصاصی: IBIS10_076
  • زبان مقاله: انگلیسی
  • تعداد مشاهده: 168
دانلود فایل این مقاله

نویسندگان

Shahram Aliyari

Department of Bioinformatics, Kish International Campus University of Tehran, Kish, Iran

Zahra Salehi

Laboratory of Complex Biological Systems and Bioinformatics (CBB), Department of Bioinformatics,Institute of Biochemistry and Biophysics (IBB), University of Tehran, Tehran, Iran

Mohammad Hossein Norouzi-Beirami

Department of Computer Engineering, Osku Branch, Islamic Azad University, Osku, Iran

Kaveh Kavousi

Laboratory of Complex Biological Systems and Bioinformatics (CBB), Department of Bioinformatics,Institute of Biochemistry and Biophysics (IBB), University of Tehran, Tehran, Iran

چکیده

Hepatocellular carcinoma (HCC) is one of the most common malignancies and a leading cause of cancerrelateddeaths worldwide. Despite evident role of human leukocyte antigen (HLA) in immune detection andkilling of cancer cells, patients. HLA genotypes has not been fully characterized in HCC. The present studyaimed to investigate the distribution of HLA allele frequency in HCC patients by in Silico HLA typing usingRNA-Sequencing (RNAseq) sequence reads. We inferred the HLA genotypes across ۳۷۱ TCGA-LIHCprimary tumor samples using arcasHLA tool from input RNA sequencing data. A total of ۵۸ HLA-A, ۸۷HLA-B, ۵۲ HLA-C, ۴۱ HLA-DPB۱, ۲۷ HLA-DQA, ۴۳ HLA-DQB۱, and ۴۳ HLA-DRB۱ alleles wereidentified in the HCC population. The most frequent allele in the HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DPB۱,HLA-DQA, HLA-DQB۱, and HLA-DRB۱ loci were (A*۰۲:۰۱:۰۱, ۱۴.۵ %), (B*۰۷:۰۲:۰, ۸.۷%),(C*۰۷:۰۲:۰۱, ۱۲.۵%), (DPB۱*۰۴:۰۱:۰۱, ۲۸.۳%), (DQA۱*۰۱:۰۲:۰۱, ۱۵%), (DQB۱*۰۳:۰۱:۰۱, ۱۴.۸%), and(DRB۱*۰۷:۰۱:۰, ۱۰.۲%), respectively. HLA-B (۸۹%) and HLA-DQB۱ (۹۰%) showed the highest level ofheterozygosity. Together, our findings showed high prevalence of some HLA alleles with probable clinicalsignificance in HCC. To provide a better plan for disease prognosis and immunotherapy treatment furtherevaluations of the identified alleles, particularly in patients as well as healthy controls, is necessary.

کلیدواژه ها

Hepatocellular carcinoma; HLA; Allele; RNA-Sequencing

مقالات مرتبط جدید

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.