ارزیابی پتانسیل ژنتیکی اکوتیپ های مرغ بومی ایران به منظور حفظ ذخایر ژنتیکی
- سال انتشار: 1401
- محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 14، شماره: 2
- کد COI اختصاصی: JR_JOAGK-14-2_007
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 164
نویسندگان
دانشگاه شیراز
دانشگاه شهید باهنر کرمان
دانش آموخته دوره دکترا ژنتیک و اصلاح نژاد دام، بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان
چکیده
هدف: اقلیم های آب و هوایی گوناگون ایران باعث بوجود آمدن تنوع ژنتیکی قابل توجهی در اکوتیپ های مرغ بومی گردیده است. انتخاب مصنوعی برای پیشرفت ژنتیکی در صفات اقتصادی منجر به کاهش تنوع ژنتیکی در گونههای اهلی دام و طیور میگردد. از طرف دیگر با شناسایی پتانسیل ژنتیکی اکوتیپ های بومی و مدیریت برنامه های بهنژادی می توان همراه با حفظ تنوع ژنتیکی از افزایش بهرهوری در جمعیت های مرغ بومی نیز سود جست. با این حال تاکنون مطالعه ایی در سطح ژنوم برای شناسایی خصوصیات ژنتیکی مرغ بومی صورت نگرفته است. هدف این پژوهش شناسایی پتانسیل ژنتیکی اکوتیپ های مرغ بومی ایران برای هدف گذاری مناسب برنامه های بهنژادی و حفاظت ژنتیکی می باشد.مواد و روش ها: در این مطالعه داده های ژنومی ۵۱ قطعه از اکوتیپ های مرغ بومی، ۱۱ قطعه از لاین آرین و ۱۰ قطعه از نژاد لگهورن از بخش علوم دامی دانشگاه شهید باهنر کرمان تهیه شد. نقشه گذاری با ژنوم رفرنس بوسیله برنامه BWA انجام شد. شناسایی واریانت تک نوکلئوتیدی بوسیله نرم افزار GTAK انجام گرفت. بررسی روابط فیلوژنتیکی با استفاده از روش اتصال مجاورین و نرم افزار مگا (نسخه ۷) انجام شد. محاسبه Fst و بررسی همخونی بین جمعیت ها با استفاده از برنامه های Admixture و VCFtools انجام گرفت.نتایج: درصد همردیفی با ژنوم مرجع برای تمامی نمونه های مورد بررسی بین ۸۳ تا ۹۵ درصد گزارش شد و تعداد ۵۶/۱۴ میلیون چندریختی تک نوکلئوتیدی از ژنوم مرغ های بومی و تجاری گزارش شد. نتایج واکاوی درخت فیلوژنی نشان داد که تقریبا اکوتیپ های مورد مطالعه در گروه های جداگانه ایی قرار می گیرند. بر اساس این نتایج می توان بیان داشت که اکوتیپ های مرغ بومی شباهت ژنتیکی بیشتری به لاین آرین دارند و نسبت به نژاد لگهورن دارای شباهت ژنتیکی کمتری می باشند. یافته های به دست آمده از بررسی سطح هم خونی و آماره Fst نیز تایید کننده نتایج آنالیز فیلوژنی بود. برای نمونه، بیشترین مقدار Fst بین نژاد لگهورن و اکوتیپ مرندی به میزان ۲۱۹/۰ تعیین شد. نتیجه گیری: با توجه به قرابت ژنتیکی بیشتر اکوتیپ های مرغ بومی با لاین آرین، با هدف گذاری برنامه های بهنژادی برای صفات تولید گوشت در جمعیت های مرغ بومی، می توان پیشرفت ژنتیکی بیشتری را برای این صفات انتظار داشت. با هدفمند شدن برنامه های بهنژادی می توان از ذخایر ژنتیکی در جهت افزایش بهره وری همراه با حفظ تنوع ژنتیکی اکوتیپ ها سود جست.کلیدواژه ها
چند ریختی تک نوکلئوتیدی, حفاظت ژنتیکی, مرغ بومیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.