A theory of mode of act ion of Glycyrrhizin and Glycyrrhetinic Acid as D NA and RNA binding agents using automated flexi ble ligand docking
- سال انتشار: 1391
- محل انتشار: پانزدهمین سمینار شیمی فیزیک ایران
- کد COI اختصاصی: ISPTC15_0380
- زبان مقاله: انگلیسی
- تعداد مشاهده: 166
نویسندگان
Depart ment of Chemistry, Islamic A zad Universit y, North Tehran Branch, Tehran, Iran
Departm ent of Chemis try, Islamic Azad University, Central Tehran Branch, Te hran, Iran
Depart ment of Chemistry, Islamic A zad Universit y, North Tehran Branch, Tehran, Iran
Departm ent of Chemis try, Islamic Azad University, Central Tehran Branch, Te hran, Iran
Department of Chemistry, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran
چکیده
Glycyrrhizin is a well-known pharmaco logically bioactive natural glycoside. Glycyrrhizin (GL) has been widely used as a therapeutic ag ent for chronic active liver dis eases. Glycyrrhetinic acid (GA) is a n aglycone and an active metabolite of Glycyrrhizin. In this study Fourie r transform infrared (FTIR) and UV–visibl e spectrosc opic metho ds were used to determ ine the ligand binding modes, the binding cons tants, and t he stability of ligands – DNA, –RNA complexes in aqueous solution. S pectroscopic evidence showed that GL and GA bind DNA and RNA v ia G and A–T (A–U) base pairs as well as the backbone phosphate group with overall bind ing constan ts of KGL– DNA=۵.۷x۱۰ ۳ M-۱ (ǻGbinding= -۵.۱۲ kcal/mol), KGA– DNA=۵.۱x۱۰۳ M-۱ (ǻGbinding= -۵.۰۶ kcal/mol), KG L–RNA=۳.۰۳×۱۰۳ M-۱ (ǻGbinding= -۴.۷۴ kcal/m ol) and KG A–RNA=۲.۷۱×۱۰۳ M-۱ ( ǻGbinding= -۴ .۶۷ kcal/m ol). The affinity of ligands– DNA and –RNA binding is i n the order o f GL > GA. DNA rem ains in the B -family stru cture and RNA remain s in the A-family structure, while b iopolymer aggregation occurred at high ligand concentrations [۱, ۲]. We docked GL and GA onto the oligonucleoti de extracted from the crystal structures. For eve ry individu al model, the correlatio n between calculated binding and e xperimental values wer e analyzed to come acr oss most satisfying mod el. To determine the pr eferred binding sites on DNA and RNA.کلیدواژه ها
Dock ing, DNA, RNA, Glycyrrhizin, Glycyrrhetinic acid.مقالات مرتبط جدید
- شبیه سازی مدل آیزینگ با استفاده از الگوریتم متروپلیس
- بررسی شرایط مثلث شدن اجزاء یک مثلث
- Existence and multiplicity results for the p(x)–Laplacian system
- تاثیر حل سوالات به روش سنتی در یادگیری فیزیک
- لیزر موای زائد با طول موج الکساندرایت۷۵۵ ، دایود ۸۱۰ ، ان دی یگ ۱۰۶۴ با توجه به رنگ پوست بر اساس معیار فیتزپاتریک
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.