پایگاه های داده های اصلی جهت مطالعه بیان ژن ها در گیاهان (مطالعه موردی: برنج)

  • سال انتشار: 1398
  • محل انتشار: فصلنامه تحقیقات غلات، دوره: 9، شماره: 1
  • کد COI اختصاصی: JR_CRGU-9-1_007
  • زبان مقاله: فارسی
  • تعداد مشاهده: 413
دانلود فایل این مقاله

نویسندگان

مجتبی کردرستمی

دانش آموخته دکتری، گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران

بابک ربیعی

استاد، گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران

چکیده

برنج به عنوان یکی از مهم ترین گیاهان زراعی، کوچک ترین ژنوم را در بین غلات دارد و به عنوان یک گیاه مدل برای مطالعات ژنتیکی مطرح است. کوچک بودن ژنوم این گیاه باعث شده است که مطالعات جامعی روی آن انجام شود و در نتیجه مقدار زیادی اطلاعات به­دست آید. جمع­آوری و نگهداری مناسب این اطلاعات (داده­ها) و مدیریت هر چه بهتر داده های حاصل از آزمایش­های مختلف در قالب یک پایگاه داده­ها، جهت دسترسی محققین به آن­ها برای جلوگیری از دوباره کاری و نیز مقایسه نتایج خود با نتایج سایر محققین، از اهمیت ویژه­ای برخوردار است. برای رسیدن به این هدف، می توان از بیوانفورماتیک کمک شایان توجهی گرفت. بنابراین، ایجاد و توسعه پایگاه­های داده های تخصصی و استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک برای پردازش داده ها، سازمان دهی کارآمد، تجزیه و تحلیل و تجسم آن ها امری ضروری است. در این مقاله، پایگاه های داده­های عمده برای مطالعه بیان ژن­ها در سه سطح RNA، پروتئین و متابولوم در گیاه برنج بررسی می­شود و ویژگی های این پایگاه ها برای هر سطح مورد بحث و بررسی قرار می­گیرد.

کلیدواژه ها

بیوانفورماتیک, پایگاه های داده مبتنی بر وب, مسیرهای متابولیک

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.