شناسایی بیوانفورماتیکی و بررسی بیان miRNA های دخیل در نمو دانه ارقام گندم ایرانی با کیفیت نانوایی متفاوت
- سال انتشار: 1399
- محل انتشار: فصلنامه تحقیقات غلات، دوره: 10، شماره: 2
- کد COI اختصاصی: JR_CRGU-10-2_002
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 267
نویسندگان
دانش آموخته دکتری، گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران
استاد، گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران
دانشیار، گروه تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران
استاد، گروه تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران
استادیار، پژوهشکده فناوری های نوین زیستی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران
چکیده
کیفیت نانوایی گندم (Triticum aestivum L.) بهشدت وابسته به حضور و ترکیب پروتئینهای گلوتن در دانه است. در این مطالعه، کیفیت نانوایی چهار رقم گندم ایرانی (مروارید، سرداری، پارسی و سپاهان) بر اساس آنالیزهای فارینوگرافی و شیمیایی آرد و حجم ویژه نان بهترتیب از بیشترین به کمترین کیفیت رتبهبندی شد. بهمنظور شناسایی و مقایسه miRNA های دخیل در نمو دانه بین گندمهای ایرانی با کیفیت نانوایی خوب و ضعیف، دادههای RNA-seq هفت رقم گندم (چهار رقم با کیفیت خوب و سه رقم با کیفیت ضعیف) در دو مرحله نموی دانه از پایگاه اطلاعاتی NCBI پیادهسازی و آنالیز شدند. از miRNA های شناسایی شده، پنج miRNA حفاظتشده انتخاب و الگوی بیان آنها با استفاده از روش Real Time PCR در دو مرحله نموی دانه (۱۰ و ۲۰ روز پس از گردهافشانی) در چهار رقم گندم ایرانی بررسی شد. نتایج نشان داد که الگوی بیان miR۱۵۹a، miR۱۶۴a، miR۱۷۲a و miR۸۲۷a طی نمو دانه در همه ارقام مورد بررسی روند افزایشی داشت، در حالیکه الگوی بیان miR۳۹۶c روندی کاهشی نشان داد. miR۱۶۴a و miR۳۹۶c بیشترین و کمترین بیان نسبی را بهترتیب در ارقام سپاهان و سرداری (بهترتیب با کمترین و بیشترین وزن هزار دانه) نشان دادند که میتواند در نتیجه نقش تنظیمکنندگی منفی آنها بر اندازه دانه باشد. همچنین، با افزایش کیفیت نانوایی ارقام مورد بررسی، بیان نسبی miR۱۷۲a و miR۱۵۹a که بهترتیب در سنتز نشاسته و پروتئینهای ذخیرهای دانه دخیل هستند، کاهش و بیان miR۸۲۷a که در فرایند انتقال مجدد نیتروژن از برگ به دانه دخیل است، افزایش یافت که نشاندهنده آثار منفی miR۱۷۲a و miR۱۵۹a و مثبت miR۸۲۷a بر کیفیت نانوایی ارقام گندم میباشد.کلیدواژه ها
الگوی بیان miRNA, پروتئین های گلوتن, تجزیه های فارینوگرافی, qRT-PCR, RNA-Seqاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.