بررسی گسترده ژنومی و آنالیز الگوی بیان خانواده ژنی HSP۹۰ در گیاه آلوروپوس لیتورالیس تحت تنش شوری
- سال انتشار: 1398
- محل انتشار: پژوهشنامه اصلاح گیاهان زراعی، دوره: 11، شماره: 31
- کد COI اختصاصی: JR_JCB-11-31_012
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 290
نویسندگان
nt of Genetic Engineering and Biology, Genetics and Agricultural Biotechnology Institute of Tabarestan (GABIT), Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University (SANRU)
Department of Genetic Engineering and Biology, Genetics and Agricultural Biotechnology Institute of Tabarestan (GABIT), Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University (SANRU)
PhD candidate in Plant Breeding, Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University (SANRU)
RG Abiotic Stress Genomics/ RG Heterosis, Department Molecular Genetics, Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK). Germany
چکیده
پروتئین های شوک حرارتی ۹۰ کیلو دالتونی (HSP۹۰)، یک چاپرون مولکولی وابسته به ATP می باشند که توالی آن ها از درجه حفاظت شدگی بسیار بالایی در باکتری ها تا یوکاریوت ها برخوردار می باشند. در گیاهان، پروتئین های HSP۹۰، برای کنترل رشد و نمو طبیعی گیاه و همچنین پاسخ دفاعی در برابر محرک های زیست محیطی مورد نیاز می باشند. گرچه مطالعات متعددی در مورد نقش فیزیولوژیکی HSP۹۰ها در گیاهان وجود دارد، با این حال شناخت ما از مکانیسم های دفاعی پروتئین های HSP۹۰ در پاسخ به تنش، نقش آن ها به عنوان چاپرون های مولکولی و برهم کنش های مولکولی آن ها با دیگر پروتئین ها و کوچاپرون ها محدود می باشد. بنابراین، در مطالعه حاضر، با آنالیز جامعی از خانواده ژنی HSP۹۰ در گیاه هالوفیت Aeluropus littoralis، ۴ ژن HSP۹۰ در این گیاه شناسایی و با استفاده از آنالیز پیش بینی جایگاه سلولی مشخص شد که این ژن ها در بخش های مختلف سلولی فعال می باشند. با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی مختلفی، ۴۵ ژن HSP۹۰ نیز در سایر گونه های آرابیدوپسیس، برنج، ذرت، سویا وBrachypodium distachyon شناسایی گردید. ۴۹ ژن HSP۹۰ مورد بررسی، از نظر فیلوژنتیکی در سه گروه اصلی تقسیم بندی شدند. آنالیز ساختارهای ژنی و ترکیب موتیف ها نشان داد که این ژن ها در هر گروه تقریبا از حفاظت شدگی بالایی برخوردارند، که بیانگر این است که اعضای هر گروه ممکن است دارای کارکردهای یکسانی باشند. بر اساس داده های RNA-seq، ژن AlHSP۹۰.۴ فعال در سیتوپلاسم با سطح بیان ۳/۱، ببیشترین بیان را در بافت ریشه تحت شرایط تنش شوری و بازیابی به نمایش گذاشت. حداقل سطح بیان، نیز در ژن AlHSP۹۰.۳ واقع در شبکه آندوپلاسمی، در پاسخ به تنش شوری و در شرایط بازیابی در بافت برگی مشاهده گردید. یافته های این بررسی، ضمن ارائه خصوصیات عملکردی ژن های AlHSP۹۰، اطلاعات پایه ای را برای تحقیقات آتی در مورد کارکرد بیولوژیکی این ژن ها مهیا می سازد.کلیدواژه ها
Aeluropus littoralis, Expression Analysis, Heat Shock Protein, HSP۹۰, Phylogenetic Analysis, آلوروپوس لیتورالیس, آنالیز بیان, آنالیز فیلوژنتیکی, پروتئین شوک حرارتی, HSP۹۰اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.