مطالعه بیوانفورماتیک ژنوم استرپتومایسس با نرم افزار تحت وب antiSMASH
- سال انتشار: 1399
- محل انتشار: بیست و یکمین کنگره ملی و نهمین کنگره بین المللی زیست شناسی ایران
- کد COI اختصاصی: BIOCONF21_0410
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 247
نویسندگان
پردیس علوم و فناوری نوین، دانشگاه سمنان،
گروه زیست شناسی سلولی مولکولی، پردیس علوم،، دانشگاه سمنان
گروه زیست شناسی سلولی مولکولی، پردیس علوم،، دانشگاه سمنان
پردیس علوم و فناوری نوین، دانشگاه سمنان
چکیده
استرپتومایسس ها تولید کننده دو سوم آنتی بیوتیک های گروه پلی کتایدسنتازها هستند. ژنوم این گروه از باکتریها هر سه نوع پلی کتایدسنتازها I ، II و III را رمزگذاری میکند. برای شناسایی متابولیت های ثانویه، در این مطالعه از نرم افزار تحت وب antiSMASH برای بررسی خوشه های ژن پلیکتایدسنتازها و پلیسنتازهای غیر ریبوزومی استفاده گردید. توالی ژنوم ۱۸ سویه استرپتومایسس از پایگاه داده NCBI با فرمت GeneBank دریافت و در نرم افزار تحت وب antiSMASH جهت بررسی متابولیتهای ثانویه مورد بررسی قرار گرفت. سویه Streptomyces hygroscopicus subsp. Hygroscopicus بیشترین تعداد خوشه ژن PKS نوع I را دارا بود و ۵ سویه خوشه ژن PKS نوع I را داشتند. PKS نوع I با یک مجموعه آنزیم منفرد مسئول زیست ساخت ساختار پایه پلی کتیدها هستند. PKS های نوع I آنزیمهای چند منظورهای هستند که به ماژول هایی سازمان یافته اند ، که هر یک از آنها دارای مجموعهای از فعالیتهای متمایز و غیر تکرار شونده است که مسئول کاتالیز یک چرخه افزایش زنجیره پلی کتید است که توسط سنتاز -۶ دی اکسیاریترومایسین ( DEBS) B برای بیوسنتز پلی کتیدهای کاهش یافته مانند اریترومایسین است. در بین ۱۸ سویه استرپتومایسس مورد مطالعه فقط سویه Streptomyces globisporus خوشه ژن PKS نوع II و سویه Streptomyces libani subsp . libani strain خوشه ژن PKSنوع III را نداشتند. ۱۱ سویه فقط خوشه ژن PKS نوع III را داشتند. نتایج این مطالعه نشان میدهد که سویه های مختلف استرپتومایسس توانایی بسیار بالایی برای تولید متابولیتهای ثانویه حاصل فعالیت PKS دارند و میتوانند جهت مطالعات آزمایشگاهی مورد توجه ویژه قرار گیرند.کلیدواژه ها
استرپتومایسس، پلی کتایدسنتاز، antiSMASH، تحلیل ژنوممقالات مرتبط جدید
- نقش طب آیورودا، صابون های درمانی و روغن های گیاهی در سلامت و آرامش گردشگریسلامت و توریسم درمانی"
- اثر ارتفاع بر برخی از خصوصیات مورفولوژیکی harmala Peganum و تنوع ژنوتیپی در ۳ منطقه از استان مازندران
- تهیه و کاربرد نانوذرات نقره دوپ شده با هیدروکسیآپاتیت مشتق شده از استخوان مرغ در کاهش رنگ متیلن بلوMB
- بررسی اثر ترکیب هورمونی، شرایط نوری و نوع ریسنمونه بر کبلوسزایی گیبه دارویی گسنهUrtica dioica L
- تاثیر تنش شوری وبرخی بهبود دهنده ها بر محتوای فلاوونوئیدی و آنتوسیانینی گیاه کاملینا
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.