بررسی ساختار بلوک های هاپلوتیپی و پویش ژنومی صفت افزایش وزن بدن در کروموزوم-های آتوزومال گوسفند نژاد زندی با استفاده از مدل هاپلوتایپ
- سال انتشار: 1397
- محل انتشار: فصلنامه پژوهش های علوم دامی، دوره: 28، شماره: 4
- کد COI اختصاصی: JR_ANIMAL-28-4_005
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 323
نویسندگان
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز
گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی کرج، دانشگاه تهران
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک
چکیده
زمینه مطالعاتی: افزایش وزن روزانه از مهمترین سنجههای تعیین کننده سود اقتصادی در پرورش گوسفند است. آگاهی از ویژگیهای عدم تعادل پیوستگی (LD) و ساختار بلوکهای هاپلوتیپی در مطالعات پویش ژنوم و انتخاب ژنومی معیارهای کلیدی میباشند. هدف: این تحقیق به منظور مطالعه گستره LD، ساختار بلوک هاپلوتیپی و ارتباط ژنومی هاپلوتیپی گوسفند برای شناسایی مناطق ژنومی موثر بر صفات افزایش وزن روزانه قبل (AGW) و بعد از شیرگیری (PWG) در گوسفند زندی اجرا شد. روش کار: از ۹۶ راس گوسفند زندی نمونه خون تهیه شد و با استفاده از آرایههای SNPChip ۵۰ K شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ شدند. پس از مراحل کنترل کیفی، در نهایت ۴۰۸۷۹ نشانگر SNP مربوط به ۹۴ حیوان آنالیز شدند. مقدار LD با محاسبه آماره r۲ بین تمام جفت جایگاهها از طریق نرم افزار PLINK و بلوکهای هاپلوتیپی بوسیله نرم افزار Haploview برای هر کروموزوم محاسبه شدند. پس از شناسایی اثرات ثابت معنیدار (سال تولد و تیپ تولد)، مطالعه پویش ژنومی در نرم افزار PLINK ارزیابی و برای کنترل نرخ اشتباه از تصحیح بنفرونی استفاده شد. نتایج: در این مطالعه گستره مفید عدم تعادل پیوستگی در ۴۰K برابر با ۲/۰ r۲= برآورد شد. ۵۸/۷ درصد از کل SNPها درون بلوکهای هاپلوتیپی و ۴۵/۱ درصد از ژنوم اتوزومی توسط بلوکها پوشش داده شد. با انجام آنالیزهای پویش ژنومی، در مجموع چهار جایگاه هاپلوتیپی روی کروموزومهای ۳، ۵، ۶ و ۷ شناسایی شد، به طوری که، ارتباط معنیداری بین هاپلوتیپهای کروموزوم ۵، ۶ و ۷ با صفت AWG و توجیه ۴۳/۳ درصد از واریانس صفت و هاپلوتیپ کروموزوم ۳ با PWG و توجیه ۵۲/۱ درصد از واریانس صفت به دست آمد. نتیجه گیری نهایی: ژن های کاندیدای شناسایی شده حاصل از آنالیزهای هاپلوتیپی عملکرد مولکولی مرتبط با صفات رشد داشتند که قابل استفاده بودن این یافتهها در ارزیابیها، سبب تسریع در پیشرفت ژنتیکی افزایش وزن خواهد شد.کلیدواژه ها
عدم تعادل پیوستگی, بلوک هاپلوتیپی, مطالعات پویش ژنومی, ژن کاندیدا, افزایش وزن روزانهاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.