تولید کیت تشخیصی مبتنی بر واکنش لمپ (LAMP) برای شناسایی سریع قارچ Verticillium dahliae عامل بیماری پژمردگی ورتیسیلیومی زیتون
- سال انتشار: 1393
- محل انتشار: سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی
- کد COI اختصاصی: R-1091836
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 398
نویسندگان
چکیده
قارچ Verticillium dahliae سهم مهمی ایجاد خسارت در روی محصول زیتون در اغلب مناطق زیتونکاری دنیا به خود اختصاص داده است. برای تشخیص آلودگی درختان زیتون به قارچ ورتیسیلیوم، استفاده از روش های معمول کشت به دلیل قدرت ساپروفیتی ضعیف قارچ و نیز کند رشد بودن آن، وقت گیر بوده و قدرت بالایی برای کشف آلودگی های پنهان را ندارد. استفاده از تکنیک های ملکولی از قبیل روش های مبتنی بر PCR، با وجود دقت و حساسیت بالا نیازمند تهیه دستگاه هایی مانند ترموسایکلر می باشد که تهیه آن در همه موارد ممکن نخواهد بود. در دهه اخیر روش شناسایی جدیدی مبتنی بر استفاده از تکثیر قطعاتی از DNA با استفاده از یک بن ماری ساده ارایه شده است که کاربرد آن در بسیاری از ویروس ها و باکتری های انسانی با موفقیت همراه بوده است. در این تحقیق، تکنیک موسوم به LAMP برای تشخیص دقیق، سریع و ارزان قارچ عامل بیماری پژمردگی ورتیسیلیومی مورد ارزیابی گرفت. برای این کار ابتدا نمونه هایی از شاخه درختان زیتون مشکوک به بیماری پژمردگی ورتیسیلیومی از مناطق زیتونکاری طارم در استان زنجان تهیه و در آزمایشگاه نسبت به کشت، جداسازی و شناسایی قارچ عامل بیماری اقدام گردید. سپس DNA ژنومی قارچ با استفاده از سه روش: روش CTAB معمولی، روش سریع استفاده از NaOHو روش اصلاح شده استخراج DNAاز چوب، استخراج شد. بعد از ارزیابی کمی وکیفی DNA استخراج شده، واکنشLAMPبا استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده برای واکنش LAMP و DNA الگو استخراج شده با سه روش فوق انجام گردید. نتایج نشان داد علی رغم کمیت متفاوت DNA در روش های مختلف استخراج، تکنیک لمپ به دلیل حساسیت بالا توانایی تشخیص حضور پاتوژن در تمام نمونه های آلوده را دارد. به کار گیری روش اصلاح شده استخراج DNA از چوب درختان بیمار، بدون نیاز به کشت و خالص سازی قارچ عامل بیماری، مدت زمان تشخیص آلودگی درختان به قارچ ورتیسیلیوم را به طور چشمگیری کاهش داد. نتایج این تحقیق همچنین نشان داد که تکنیک لمپ حساسیت بیشتری ( حدود 10 برابر) نسبت به تکنیک Nested-PCR در تشخیص اختصاصی قارچ عامل بیماری دارد. از کیت طراحی شده بر مبنای لمپ می توان به طور موثری در غربال گری درختان مادری زیتون در جهت استفاده از مواد گیاهی سالم برای تکثیر استفاده کرد. لغات کلیدی: زیتون، تشخیص ملکولی، LAMP، ، پژمردگی ورتیسلیومی، Nested PCRکلیدواژه ها
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.