بررسی تنوع ژنتیکی در ژرم پلاسم جمع آوری شده زیتون (Olea europaea L.) با استفاده از توالی یابیIllumina paired end وایجاد مارکر های EST –SSR
- سال انتشار: 1394
- محل انتشار: سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی
- کد COI اختصاصی: R-1052521
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 375
نویسندگان
چکیده
زیتون (Olea europaea L.) یک محصول روغنی مهم است، اما اطلاعات ژنومی و ترانس کریپتومی موجود برای این گیاه محدود است. این اطلاعات جهت آشکار ساختن مکانیزم های مولکولی بیوسنتز اسیدهای چرب و توسعه نشانگرهای مولکولی ضروری می باشد. در مجموع مقادیر کمی از نشانگرهای مولکولی بر پایه ی توالی های بیانی در زیتون، کارآمدی و صحت اصلاح ژنتیکی را محدود ساخته است. توالی یابی ترانس کریپتومی با کارآمدی بالا برای تولید یک پایگاه بزرگ از توالی های ترانس کریپتومی، جهت کشف ژن و توسعه نشانگرهای مولکولی ضروری است.در این تحقیق،ترانس کریپتوم های زیتون از میوه ی آن، با استفاده از تکنولوژی توالی یابی دوطرفه Illumina، توالی یابی شد. قرایت های خام فیلتر شده، به صورت تعداد کلی 32902 ،Unigene، با میانگین طول 789 جفت باز مونتاژ گردیدند. از این Unigene ها، 20821(63.28%) شباهت معنی داری با پروتیین های موجود در پایگاه اطلاعاتی پروتیینی غیر تکراری NCBI داشتند(E-value < 10-5). علاوه بر این، 587 Unigene با 519 ژن آرابیدوپسیس برپایه آنالیز BLASTx در منابع اطلاعاتی آرابیدوپسیس همولوژی نشان دادند(TAIR, Version 10). در کل، 4459 Unigene به نشانگر SSR تبدیل شدند(EST-SSR). SSR های دو نوکلیوتیدی بیشترین تکرار بودند(57.52%، 2565) و به دنبال آن، SSR های سه نوکلیوتیدی ها(40.30%، 1797)، چهار نوکلیو تیدی ها(1.27%، 57)، شش نوکلیوتیدی ها(0.58%، 26) و پنج نوکلیوتیدی ها(0.31%،14) قرار دارند. غالبترین واحد تکراری AG/CT(45.11%) و به دنبال آن AAG/CTT(12.92%)، AT/AT(8.98%)، AGG/CCT(8.29%)، و AC/GT(4.58%) قرار دارند. 39 EST-SSR انتخاب گشته و جهت تکثیر و تعیین درجه چند شکلی در خزانه های DNA ژنومی برای آنها پرایمر طراحی گشت. این مطالعه تایید کرد که توالی یابی دوطرفه Illumina، یک رویکرد سریع و کارآمد و کم هزینه برای کشف ژن و توسعه نشانگرهای مولکولی در موجودات غیر مدل است. نتایج این پژوهش منبع جامعی از توالی های ترانس کریپتومی را برای تحقیقات ژنومی زیتون فراهم آورد.کلیدواژه ها
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.