بررسی قدرت اتصال آنزیم های DEP-A و DEP-B با مایکوتوکسین ۱۵ADON با استفاده از داکینگ مولکولی

دی اکسی نیوالنول (DON) رایج ترین مایکوتوکسین آلوده کننده ی غلات است که با روش های رایج نظیر جاذب ها قابل کنترل نیست. از این رو، روش های مبتنی بر آنزیم ها جهت سم زدایی این نوع مایکوتوکسین ها پیشنهاد می شود. هدف از مطالعه ی حاضر بررسی برهمکنش آنزیم های DEP-A و DEP-B با کموتایپ های مایکوتوکسین DON نظیر ۱۵- استیل-دی اکسی نیوالنول (۱۵ADON) از طریق داکینگ مولکولی می باشد. ساختار سه بعدی پروتئین های DEP-A و DEP-B با استفاده از سرور SWISS MODEL پیش بینی شد. سپس، پایداری این ساختارها در شرایط دینامیکی مولکولی مورد ارزیابی قرار گرفتند. بدین منظور شبیه سازی با کمک نرم افزار GROMACS انجام شد و سپس منحنی RMSDمربوط به این دو آنزیم جهت بررسی پایداری ساختار رسم شد. به منظور بررسی برهم کنش های آنزیم DEP-A با ۱۵ADON و DEP-B با حدواسط ایجاد شده از مرحله ی قبل یعنیOxid ۱۵ADON از سرور آنلاین H-DOCK استفاده شد. بررسی ساختارهای پیش بینی شده توسط پلات های ERRAT، Verify۳D، Z-score و Ramachandran نشان داد که پیش بینی ساختارها با موفقیت انجام شده است. منحنی های RMSD نشان داد که DEP-A و DEP-B به ترتیب در ۲۴۰ و ۴۰ نانوثانیه با میزان ۵۸/۰ و ۳۵/۰ nm پایدار شده اند. نتایج مربوط به داکینگ مولکولی نیز نشان داد که هر دو آنزیم DEP-A و DEP-B به ترتیب با انرژی اتصال نسبتا قوی (۹۰/۱۵۷- و ۷۸/۱۴۱-) به سوبسترا متصل شده اند. در نهایت می توان نتیجه گرفت که هر دو آنزیم مورد مطالعه قادر به اتصال به کموتایپ ۱۵ADON در جایگاه مناسب بوده که نشان می دهد این آنزیم ها می توانند در غیر فعال سازی این کموتایپ موثر واقع شوند. اگرچه مطالعات آزمایشگاهی به منظور تایید این نتایج مورد نیاز می باشد.

کلیدواژه ها:

داکینگ مولکولی ، مایکوتوکسین ، آنزیم ، ۱۵-استیل-دی اکسی نیوالنول