ارزیابی بیوانفورماتیک و خصوصیات زیر واحد بزرگ روبیسکو در برخی از ژنوتیپ های کاهو
عنوان مقاله: ارزیابی بیوانفورماتیک و خصوصیات زیر واحد بزرگ روبیسکو در برخی از ژنوتیپ های کاهو
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-11-3_006
منتشر شده در شماره 3 دوره 11 فصل در سال 1398
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-11-3_006
منتشر شده در شماره 3 دوره 11 فصل در سال 1398
مشخصات نویسندگان مقاله:
بهمن فاضلی نسب - گروه پژوهشی زراعت و اصلاح نباتات، پژوهشکده کشاورزی، دانشگاه زابل ایمیل
براتعلی فاخری - گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل
زهرا جمعه قاسم آبادی - دانش آموخته کارشناسی ارشد، گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل
خلاصه مقاله:
بهمن فاضلی نسب - گروه پژوهشی زراعت و اصلاح نباتات، پژوهشکده کشاورزی، دانشگاه زابل ایمیل
براتعلی فاخری - گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل
زهرا جمعه قاسم آبادی - دانش آموخته کارشناسی ارشد، گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل
هدف: کاهو یکی از قدیمی ترین سبزی های دنیاست که منشا آن در هندوستان و آسیای مرکزی است. در این تحقیق تنوع ژنتیکی 15 ژنوتیپ کاهو با استفاده از توالی ژن rbcl مورد بررسی قرار گرفت.
مواد و روشها: توالی 15 ژنوتیپ کاهو ابتدا با روش PCR جداسازی و سپس توالی یابی شد. کیفیت توالی ها با استفاده از نرم افزار Chromas 2.1.1 بررسی و سپس با روش ClustalW توسط نرم افزار MegAlign 5 هم ردیف سازی شده و دندروگرام روابط تبارزایی و ماتریس تفاوت و تشابه توالی ها ترسیم گردیدند. همچنین برای مدل سازی و اعتبار سنجی پروتئین rbcl از SWISS-MODEL و QMEAN و ارزیابی ساختار و کیفیت شیمیایی پروتئین از نقشههای راماچاندران و سرور Pro-SA استفاده شد.
نتایج: بررسی شبکههای متقابل پروتئین- پروتئین با استفاده از نرم افزار STRING نشان داد اکثر پروتئینهای کد شده با ژنهای matK، psb-tranH با پروتئین rbcl اثر متقابل دارند. نتایج حاصل از تجزیه خوشهای، ماتریس تشابه و واریانس مولکولی و همچنین 1< dN/dS، همگی حاکی از وجود شباهت و حفاظت شدگی بالای توالی rbcl بین ژنوتیپهای مورد مطالعه بود.
نتیجه گیری کلی: نتایج نشان داد که برای بررسی روابط فیلوژنتیکی در سطح گونه توالی rbcl چندان مفید نیست لذا میتوان گفت که یکی از علل عدم موفقیت این ناحیه در تفکیک گونهها، تغییرپذیری کم آن در بین گونهها است.
کلمات کلیدی: کاهو, dN/dS, لاکتوکسین, تبارزایی, rbcl
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/970878/