ارزیابی بیوانفورماتیک و خصوصیات زیر واحد بزرگ روبیسکو در برخی از ژنوتیپ های کاهو
- سال انتشار: 1398
- محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 11، شماره: 3
- کد COI اختصاصی: JR_JOAGK-11-3_006
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 585
نویسندگان
گروه پژوهشی زراعت و اصلاح نباتات، پژوهشکده کشاورزی، دانشگاه زابل ایمیل
گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل
دانش آموخته کارشناسی ارشد، گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل
چکیده
هدف: کاهو یکی از قدیمی ترین سبزی های دنیاست که منشا آن در هندوستان و آسیای مرکزی است. در این تحقیق تنوع ژنتیکی 15 ژنوتیپ کاهو با استفاده از توالی ژن rbcl مورد بررسی قرار گرفت. مواد و روشها: توالی 15 ژنوتیپ کاهو ابتدا با روش PCR جداسازی و سپس توالی یابی شد. کیفیت توالی ها با استفاده از نرم افزار Chromas 2.1.1 بررسی و سپس با روش ClustalW توسط نرم افزار MegAlign 5 هم ردیف سازی شده و دندروگرام روابط تبارزایی و ماتریس تفاوت و تشابه توالی ها ترسیم گردیدند. همچنین برای مدل سازی و اعتبار سنجی پروتئین rbcl از SWISS-MODEL و QMEAN و ارزیابی ساختار و کیفیت شیمیایی پروتئین از نقشههای راماچاندران و سرور Pro-SA استفاده شد. نتایج: بررسی شبکههای متقابل پروتئین- پروتئین با استفاده از نرم افزار STRING نشان داد اکثر پروتئینهای کد شده با ژنهای matK، psb-tranH با پروتئین rbcl اثر متقابل دارند. نتایج حاصل از تجزیه خوشهای، ماتریس تشابه و واریانس مولکولی و همچنین 1< dN/dS، همگی حاکی از وجود شباهت و حفاظت شدگی بالای توالی rbcl بین ژنوتیپهای مورد مطالعه بود. نتیجه گیری کلی: نتایج نشان داد که برای بررسی روابط فیلوژنتیکی در سطح گونه توالی rbcl چندان مفید نیست لذا میتوان گفت که یکی از علل عدم موفقیت این ناحیه در تفکیک گونهها، تغییرپذیری کم آن در بین گونهها است.کلیدواژه ها
کاهو, dN/dS, لاکتوکسین, تبارزایی, rbclاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.