شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین همولیزین باسیلوس پامیلوس و داکینگ آن با کلسترول و پیشگویی تغییرات کنفورماسیونی این پروتئین در طراحی دارو با کمک بیوانفورماتیک
- سال انتشار: 1395
- محل انتشار: فصلنامه زیست شناسی کاربردی، دوره: 29، شماره: 2
- کد COI اختصاصی: JR_JAB-29-2_005
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 1044
نویسندگان
کارشناس ارشدزیست فناوری میکروبی، گروه زیست فناوری، دانشکده علوم و فناوریهای نوین، دانشگاه اصفهان
دانشیارگروه زیست فناوری، دانشکده علوم و فناوریهای نوین، دانشگاه اصفهان
استادگروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه اصفهان
چکیده
همولیزین یک پروتئین خارج سلولی است که توسط بسیاری از باکتری های بیماری زا و غیر بیماری زا ترشح می شود. سطح فعالیت آنها غشای پلاسمایی گلبول های قرمز خون می باشد. همولیزین جزء سموم وابسته به کلسترول می باشد یعنی کلسترول را به عنوان گیرنده بر روی سطح سلول های خونی شناسایی کرده و از طریق آن به سلول هدف متصل می شود. در این تحقیق ما بر روی همولیزین گونه ایی از باسیلوس به نام باسیلوس پامیلوس SAFR0032 کار کرده ایم. اهدافی که در این تحقیق دنبال شده شامل شبیه سازی دینامیک مولکولی همولیزین در داخل غشای زیستی که برای شبیه سازی این پروتئین در غشاء از نرم افزار گرومکس استفاده شد. هدف از این شبیه سازی بررسی پایداری این پروتئین در داخل غشا های زیستی می باشد. همچنین ما با تعیین جایگاه اتصال این سم با غشاء و شناسایی اسید های آمینه درگیر در این اتصال با استفاده از نرم افزار اتوداک توانستیم عوامل دخیل درمیان کنش این سم با غشاء را نیز شناسایی و بررسی کنیم سپس با ایجاد موتاسیون در اسید آمینه های اصلی درگیر در این اتصال با استفاده از وبگاه PoPMuSiC-2.1 رفتار این پروتئین جهش یافته با کلسترول غشاء بررسی گردیده است. نتایج حاصل از این تحقیق تاکید می کند که موتاسیون زایی باعث کاهش تمایل پروتئین همولیزین به کلسترول می شود و اتصال میان آنها به شدت سست و ناپایدار می گردد. پس می توان در شناسایی و طراحی دارو های جدید به ساختار سه بعدی همولیزین ها توجه کرد و به عنوان یک ایده نوین در زمینه های داروسازی و بهبود دارو های موجود در درمان بیماری هایی که به علت همولیزین ترشحی توسط باکتری ها ایجاد می شود مورد استفاده قرار گیرد.کلیدواژه ها
شبیه سازی دینامیک مولکولی, باسیلوس پامیلوس, همولیزین, اتوداک, موتاسیوناطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.