بررسی آلودگی ارقام مختلف نیشکر به ویروس موزاییک نیشکر (SCMV) در استان خوزستان

ویروس موزاییک نیشکر (SCMV) یکی از بیماری های مهم گیاه نیشکر است. در این پژوهش غربال گری بیماری ویروس موزاییک نیشکر در ارقام وارداتی و نمونه های موجود در داخل با روش های مولکولی مبتنی بر اسید نوکلئیک انجام شد. در سال زراعی 94-1393، نمونه های دارای علائم بیماری از 90 رقم مختلف مربوط به شش کشتخوان نیشکر جمع آوری و بخش هایی از پهنک آن ها جداسازی شدند. نمونه ها در شرایط سرمای خشک- انجمادی و در ازت مایع پودر شدند. آغازگر مناسب جهت تکثیر حدود 1040 جفت باز از ناحیه پروتئین پوششی و پروتئین NIb طراحی و با استفاده از روش RT-PCR تکثیرشد. از بین 90 نمونه موردبررسی، 10 نمونه نیشکر با تولید قطعات تکثیری موردانتظار آلوده به ویروس موزاییک نیشکر بودند. این نمونه ها مربوط به ارقام IRC99-06، V58-4 و Q58 از موسسه تحقیقات و آموزش توسعه جانبی نیشکر خوزستان، IRC99-09، IRC00-21 و 4380-3 از کشت و صنعت سلمان فارسی، CP80-1557 و V68-74 از کشت و صنعت امام خمینی و دو رقم نامشخص بودند. چهار نمونه از قطعات تکثیری به صورت دو جهته و مستقیم توالی یابی و در بانک ژن ذخیره شدند. جستجوی بلاست توالی های مربوط به چهار جدایه ردیابی شده Kh40، Kh41، Kh44 و Kh28 نشان داد که این جدایه ها دارای بیشترین شباهت به جدایه های ایرانی و آرژانتینی هستند. درخت فیلوژنتیکی ترسیمی با استفاده از الگوریتم درست نمائی بیشینهنشان داد که جدایه های ایران احتمالا از جمعیت های آرژانتین و چین منشا گرفته اند.

کلیدواژه ها:

آنالیز فیلوژنیکی ، پوشش پروتئینی ، خوزستان ، ویروس موزاییک نیشکر