شناسایی نشانگرهای چندشکل ریزماهواره در چغندرقند
- سال انتشار: 1395
- محل انتشار: دوفصلنامه چغندرقند، دوره: 32، شماره: 2
- کد COI اختصاصی: JR_JRSB-32-2_007
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 276
نویسندگان
دانشگاه بوعلی سینا
دانش آموخته کارشناسی ارشد دانشگاه بوعلی سینا
عضو هیئت علمی-دانشگاه بوعلی سینا
عضو هیئت علمی-دانشگاه بوعلی سینا
چکیده
به منظور شناسایی نشانگرهای SSR و EST-SSR در چغندر قند، مجموعا 2884 توالی EST و همچنین توالی ژن FLC-Like، یکی از ژنهای کلیدی کنترل کننده گلدهی در چغندر، از پایگاه NCBI استخراج شد. بعد از انجام سرهمبندی توالیها و ساخت توالیهای غیر تکراری، همه کانتیگها به منظور شناسایی SSRsهای دو تا شش نوکلئوتیدی مورد جستجو قرار گرفتند. سپس طراحی آغازگرهای اختصاصی از نواحی حفاظت شده اطراف این SSRها انجام شد. تعداد 300 توالی معادل 14 درصد از کل توالیهای EST دارای ریزماهواره بودند و به طور متوسط نواحی بیان شونده در چغندرقند به ازای هر 4/6 کیلو باز دارای یک ریزماهواره بوده و فراوانترین آنها تکرارهای سه تایی (36/33) بودند. تعدا 15 جفت آغازگر اختصاصی طراحی شده بر روی 12 رقم و لاین چغندر با آزمون PCR بررسی شد و شش نشانگر چندشکل شناسایی شد که چهار مورد از آنها از توالیهای ژنهای کنترل کننده گلدهی هستند. این نشانگرها قادر به تولید دو تا چهار الل در هر مکان بوده و محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC) آنها بین 0/4 تا 0/66 بود. این اطلاعات EST-SSR و نشانگرهای جدید SSR شناسایی شده، منابع مهمی برای مطالعات ژنتیکی، تاکسونومی، اصلاح مولکولی، شناسایی ارقام در مطالعات آینده بر روی چغندر قند است.کلیدواژه ها
چغندر قند, ژنهای گلدهی, نشانگر, ESTاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.