Solving inverse RNA folding based on homology modeling
- سال انتشار: 1397
- محل انتشار: هشتمین همایش بیوانفورماتیک ایران
- کد COI اختصاصی: IBIS08_069
- زبان مقاله: انگلیسی
- تعداد مشاهده: 689
نویسندگان
۱دانشگاه تربیت مدرس تهران
۲دانشکده علوم زیستی دانشگاه تربیت مدرس
۳بیوفیزیک دانشکده علوم زیستی دانشگاه تربیت مدرس تهران ایران
چکیده
function of RNA molecules often depends on its spatial structure. Hence, designing a RNA strand with a specific structure has always attracted biologists, physicians and pharmacists’ attention. This is known as the inverse folding problem [۱]. We know that the Brute Force method for this issue is a NP-complete problem, so we must use optimization methods to reduce the search space of the problem [۲]. In this study, by breaking down the second structure of RNAs into smaller substructure and using these small substructure as templates, we achieved the best initial sequence of nucleotides [۳]. In this study, we gathered RNAs structural information and created our own database, using various databases such as PDB, nucleic acid database, URSDB, and etc. To obtain the desired sequence, we intended to fracture RNAs into substructures, find the best matching sequence for each segment by homology modeling and merge them into the best initial nucleotide sequence.کلیدواژه ها
: Secondary structure of RNA، inverse folding ، RNA molecular design، homology modelingمقالات مرتبط جدید
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.