Bioinformatics Identification of Different expression genes at drought tolerant wheat under stress condition

  • سال انتشار: 1397
  • محل انتشار: هشتمین همایش بیوانفورماتیک ایران
  • کد COI اختصاصی: IBIS08_019
  • زبان مقاله: انگلیسی
  • تعداد مشاهده: 550
دانلود فایل این مقاله

نویسندگان

سحر شجاعی

۱دانشکده کشاورزی-دانشگاه شهرکرد

رودابه راوش

۲دانشگاه شهرکرد

بهروز شیران

۳دانشاه دولتی شهرکرد

اسماعیل ابراهیمی

دانشگاه شیراز

چکیده

Today s growing population has caused more human demand for food, which has led to the expansion of agricultural production and the impact of land and resources on the ground [1]. In most cases, their genes products may function in stress response and tolerance at the cellular level. Significantly, the introduction of many stress-inducible genes via gene transfer resulted in improved plant stress tolerance [2]. To identify the DEGs (Different expression genes) in the wheat plant, the drought stress resistant microarray libraries that have resistant cultivars are download from the NCBI site with the CEL. File format (such as GSE30436, GSE25940, GSE3162), then analyzed libraries in the GEO2R section of the NCBI site. (log2 FC: up expression ≥ 1, down expression ≤ -1, P.Value = 1%) After export the results to excel file, common significant up and down regulated genes revealed on JVENN site(http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html) VENN diagram have showed intable1. Based on these graphs, 3 resistant cultivars had165 genes with increased expression, such as SPS5, TaABI1, Wcor18, Xip-R1, rab, Wcor410b, TaSAG3, TaGolS2, LEA3, ASN1, SAMDC1 and 75 genes such as chi1, TaEXPB6, HIR3, PDR1, TaKSL2, PR-1.1 had decreased expression compare to control condition.

کلیدواژه ها

Wheat, microarray, Differential Gene Expression, Drought Stress

اطلاعات بیشتر در مورد COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.