A benchmarking for computational methods of Mass spectrometry based lipidomics data analysis
- سال انتشار: 1397
- محل انتشار: هشتمین همایش بیوانفورماتیک ایران
- کد COI اختصاصی: IBIS08_001
- زبان مقاله: انگلیسی
- تعداد مشاهده: 500
نویسندگان
۱گروه بیوتکنولوژی و اصلاح نباتات- دانشکده کشاورزی-دانشگاه زابل- زابل- ایران
۲عضو هیئت علمی
چکیده
Lipids are a large group of biomolecules involved in biological processes such as energy homeostasis, formation of cellular membranes and cell signaling [1, 2]. The total lipid content in a cell is called lipidome and lipidomics is the study of lipidomes using the prin ciples and techniques of analytical chemistry [3]. The main techniques for the analysis of lipids are based on mass spectrometry [4].The structural diversity and complexity of lipids, however, also requires the development and application of new algorithms and software tools that are specifically directed at processing data from lipid analyses [5]. Lipid databases like LIPIDMAPS [6] and Lipid Data Analyzer [7] are specialized that significantly aid lipidomics researches in compound and pathway annotation. There are also LIPIDMAPS presents an example of such a general lipid database that provides critical chemical information necessary for compound annotation. In this research, a number of lipidomics algorithms and softwares based on mass spectrometry were compared. We have presented a benchmark about open source software which were developed and used for lipidomics analysis include Lipid Profiler [8], LipidInspector [9], LipidQA [10], LIMSA [11], Fatty Acid Analysis Tool (FAAT) [12] and Analysis of Lipid Experiments (ALEX) [13]کلیدواژه ها
Algorithms , Mass spectrometry , Lipidomics , Softwares,Databasesاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.