تکثیر ژن فیلیای گاوی غنی از GC به کمک بهینه سازی طراحی آغازگر
- سال انتشار: 1394
- محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 7، شماره: 3
- کد COI اختصاصی: JR_JOAGK-7-3_008
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 414
نویسندگان
چکیده
فیلیا ژنی با اثرات مادری است و اختلال در کارکرد آن در موش منجر به کاهش باروری، و در انسان باعث سقط جنین میگردد. بررسی توالی رونوشت فیلیا در گاو در NCBI نشان میدهد که نسبت به اورتولوگ انسان و موش دارای درصد GC بالاتری است. این امر منجر به اختلال در تکثیر ژن در طی سیکل تکثیر PCR میگردد. مطالعهی حاضر بهمنظور بررسی امکان تکثیر بخشی از رونوشت فیلیای گاوی با درصد بالای GC با بهینه سازی در طراحی آغازگر به اجرا درآمد. آغازگرها برای دو قطعهی 443 و 230 جفت بازی از ژن مذکور طراحی شد بهصورتی که فقط برای قطعهی اول، دو شرط دمای ذوب بالا و اختلاف اندک دمای ذوب آغازگرها در نظر گرفته شد. بررسی بیوانفورماتیک از نظر وضعیت GC و ساختارهای ثانویهی احتمالی این قطعات صورت گرفت. استخراج RNA از تخمکهای جداشده از تخمدانهای گاوی انجام گرفت. پس از واکنش رونویسی معکوس، واکنش PCR با دماهای اتصال مختلف به صورت دو و سهمرحلهای صورت گرفت. نتایج نشان داد که قطعهی 443 جفت بازی دارای یک جزیرهی CpG و درصد GC بیشتر و قابلیت تشکیل ساختارهای ثانویهی پیچیدهتری نسبت به قطعهی 230 جفت بازی است. با این وجود تنها قطعهی 443 جفت بازی که دارای آغازگرهای با ویژگیهای موردنظر بود، با باند مشخصی تکثیر گردید. نتایج نشان داد اختلاف اندک دمای ذوب آغازگرها، بالا بودن دمای اتصال آنها و دومرحلهای شدن واکنش میتواند در تکثیر اختصاصی توالیهای غنی از GC موثر باشد.کلیدواژه ها
ژن فیلیای گاو, درصد GC, جزیره ی CpG, ساختار ثانویه, دمای اتصالاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.