بررسی بیوانفورماتیکی توالی های EST سنبله گندم چینی بهاره تحت تنش شوری
- سال انتشار: 1395
- محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 8، شماره: 3
- کد COI اختصاصی: JR_JOAGK-8-3_003
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 406
نویسندگان
استادیار بخش اگرواکولوژی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی داراب.
دانشیار بخش زراعت واصلاح نبات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز.
دانشیار پژوهشکده بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز
چکیده
تغییرات کارکرد ژنوم تحت شرایط تنش می تواند راهکاری برای درک بهتر سازوکارهای تحمل به تنش در گیاهان باشد. در این پژوهش سعی شده است تا با بررسی توالیهای EST دو کتابخانه کنترل و تنش شوری در گندم، تغییرات کارکردی ژنوم در تنش شوری و ژنهای موثر در تحمل به شوری شناسایی شوند. بدین منظور توالیهای EST از وبگاه هاروارد و Graingenes دریافت شدند. به منظور دسته بندی توالیهای EST، تعیین پروتئینهای مرتبط با یونیژنها (کانتیگها و سینگلتونها)، تعیین گروههای کارکردی و آزمونهای آماری، به ترتیب از بانک اطلاعاتی Egassembler، بلاست وبگاه NCBI، وبگاه موسسه ماکس پلانک و نرمافزار IDEG6 استفاده شد. نتایج نشان دهنده وجود اختلاف معنیدار بین 20 گروه کارکردی در شرایط کنترل و تنش شوری بود. در هر دو شرایط کنترل و تنش شوری، گروههای کارکردی پروتئین و RNA بیشترین و گروههای کارکردی متابولیسم کربوهیدرات اصلی، تبدیل مواد آلی و چرخه کربس کمترین فعالیت کارکردی ژنوم را نسبت به سایر گروههای کارکردی ژنوم به خود اختصاص دادند. تحت تنش شوری، فعالیت گروههای کارکردی سنتز ATP/ انتقال الکترون میتوکندریایی، متابولیسم چربی، اکسایش-کاهش، پروتئین، RNA، DNA و سلول افزایش یافت. بنابراین می توان پیشنهاد کرد که این گروههای کارکردی دارای نقش مهمی در مکانیسم پاسخ به تنش شوری هستند. تجزیه و تحلیل بیان ژن ها در شرایط کنترل و تنش شوری نشان داد 271 ژن دارای بیان افتراقی معنیدار بودند که در 23 گروه کارکردی مختلف قرار گرفتند. ژنهای شناسایی شده در این پژوهش میتوانند جهت دستورزی ژنتیکی با هدف بهبود تحمل به تنش شوری در گیاهان زراعی مورد استفاده قرار گیرند.کلیدواژه ها
تنش شوری, ژنومیکس کارکردی, سنبلهاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.