مقایسه روش های مختلف لایه بندی جمعیتی گاوهای سرابی و نجدی با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی متراکم
- سال انتشار: 1398
- محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 11، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_JOAGK-11-1_002
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 641
نویسندگان
دانشگاه زابل، دانشکده کشاورزی، زابل -ایران
استاد دانشکده کشاورزی دانشگاه زابل
گروه علوم دامی ، دانشکده کشاورزیف دانشگاه زابل، زابل، ایران
هیئت علمی گروه اصلاح دام دانشگاه تهران
چکیده
هدف: تاکنون از روشهای مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفاده از نشانگرهای موجود درکل ژنوم (چند شکلیهای تکنوکلئوتیدی (SNP)) استفاده شده است که هر کدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در پژوهش حاضر از خوشهبندی شبکهای بدون نظارت یا SPC که روشی مبتنی بر دادهکاوی است، برای بررسی ساختار جمعیت گاوهای سرابی و نجدی استفاده شد. مواد و روشها: جمعیت مورد مطالعه 424 راس گاو شامل 213 راس گاو نجدی و 211 راس گاو سرابی بود که باChip 40 K v 2 Illumina Bead برای نشانگرهای تکنوکلئوتیدی تعیین توالی شدند. برای تجزیه ساختار جمعیت از بستهی نرمافزاری (SPIN) SORTING POINTS INTO NEIGHBORHOOD استفاده شد. بعد از ویرایش دادهها، 27859 نشانگر اتوزومی تجزیه و تحلیل شدند. نتایج: خوشهبندی بر اساس شباهتها و تفاوتهای نوکلئوتیدها، منجر به طبقهبندی دو جمعیت پایه و نه زیر جمعیت شد. نتیجهگیری: در مقایسه با سایر روشهای موجود برای لایهبندی جمعیت، در حال حاضر روش SPIN با توجه به عدم نیاز به فرضهای پیشین، کارایی مناسبی جهت تجزیه و تحلیل ساختار جوامع دارد.کلیدواژه ها
چندشکلی های تک نوکلئوتیدی, خوشه بندی شبکه ای بدون نظارت, داده کاوی, ساختارجمعیتیاطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.