مقایسه پروفایل تنوعCNVدر ژنوم گوسفند با گاو هلشتاین

هدف از این پژوهش مقایسه CNV در تعدادی از نژادهای گوسفند ایتالیا با گاو هلشتاین بود. از 580 راس گاو نر هلشتاین و 360 راس گوسفند نمونه خون تهیه و DNA آن استخراج شد. ژنوتیپ چند شکلی های تک نوکلیوتیدی سراسر ژنوم با تراشه 50k گاوی و گوسفندی در هر دو گونه تعیین شد. با استفاده از نرم افزار PennCNV تعداد 904 تنوع با میانگین طول kb 154 / 7 و میانه kb 103 / 7 در گوسفند و 744 مورد با میانگین طول kb 213 / 7 و میانه kb 124 / 5 در گاو شناسایی شد. کل طول این تنوع در ژنوم گوسفند Mb 8 / 5 و در ژنوم گاو Mb 80 بود. پس از ترکیب نواحی مشابه تعداد 35 ناحیه تنوع پر تکرار در ژنوم گوسفند و 141 مورد در ژنوم گاو شناسایی شد، فقط 20 درصد نواحی CNV در ژنوم نژادهای گوسفند با ژنوم گاو هلشتاین همپوشانی داشت. علاوه بر این، نواحی این تنوع در ژنوم گوسفند با 40 ژن مرجع و 62 QTL در ژنوم گاو، و 110 ژن مرجع در ژنوم انسان بطور کامل یا جزیی همپوشانی داشت. توزیع تنوع ها در هر دو گونه در نواحی ساب تلومریک و پری سانترومریک بیشتر بود. بر اساس این نتایج، شاید بتوان از روی پیوستگی این تنوع با نواحی ژنی در ژنوم گاو ژنها و QTLهای ژنوم گوسفند را شناسایی نمود. برای کسب نتایج دقیق تر مطالعات بیشتری نیاز است.

کلیدواژه ها:

پروفایل مقایسه ای ژنوم ، تنوع ژنوم ، گاو هلشتاین ، گوسفند ، CNV