مقایسه روش های آماری پارامتری و بازنمونه گیری در ارزیابی صفات کمی باساختار ژنتیکی متفاوت
- سال انتشار: 1396
- محل انتشار: فصلنامه تولیدات دامی، دوره: 19، شماره: 1
- کد COI اختصاصی: JR_JAP-19-1_001
- زبان مقاله: فارسی
- تعداد مشاهده: 454
نویسندگان
دانش آموخته کارشناسی ارشد، دانشگاه آزاد اسلامی واحد کرج، کرج- ایران
استادیار، گروه علوم دام و طیور، پردیس ابوریحان، دانشگاه تهران، تهران- ایران
دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد کرج، کرج- ایران
دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد کرج، کرج- ایران
چکیده
هدف از این مطالعه مقایسه سه روش پارامتری (RKHS BayesB ، GBLUP ) و دو روش باز نمونه گیری (Bagging GBLUP و Random Forest) در پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با ساختار ژنتیکی متفاوت بود. یک ژنوم با سه کروموزوم، هر کروموزوم به طول یک مورگان شبیه سازی شد و روی آن 1500 نشانگر تک نوکلیوتیدی (SNP) در سه سناریو 50، 100 و 200 QTL به طور یکنواخت پخش شدند. اثر جایگزینی QTLها با استفاده از توزیع نرمال استاندارد، گاما و یکنواخت با وراثت پذیری 30 درصد مدل سازی شدند. توانایی پیش بینی روش های آماری با استفاده از آماره های همبستگی بین ارزش های اصلاحی پیش بینی شده و واقعی و همچنین رگرسیون ارزش اصلاحی واقعی بر پیش بینی شده بررسی شد. نتایج نشان داد در جمعیت های تایید، روش RF باعث بیش-برآورد رگرسیون ارزش های اصلاحی واقعی بر پیش بینی شده شد، در حالی که روش های BayesB ، GBLUP و RKHS منجر به کم-برآورد ضریب رگرسیون شدند. به جز روش Bagging GBLUP در دیگر روش ها تفاوت معنی داری با تغییر توزیع اثرات QTL مشاهده نشد اما در مجموع عملکرد دو روش GBLUP و BayesB نسبت به دیگر روش ها بهتر بود. یکی از دلایل احتمالی برتری GBLUP و BayesB بر دیگر روش ها می تواند شبیه سازی صفات با اثرات صرفا ژنتیکی افزایشی بوده باشد. به طور کلی، روش های GBLUP و BayesB بر روش های باز نمونه گیری در پیش بینی های ژنومی ارجحیت دارندکلیدواژه ها
ارزیابی ژنومی، جنگل تصادفی، فضای تولید هسته هیلبرت، کیسه بندی شده، معماری ژنتیکی، یادگیری ماشینمقالات مرتبط جدید
- بررسی تنوع زیستی گیاهان مرتعی ارتفاعات کبیرکوه در جنوب دره شهر (استان ایلام)
- عوامل موثر بر میزان پیچان رودخانه های خرم اباد
- ارزیابی کیفیت آب شرب گاوهای شیری در گاوداری های صنعتی حومه مشهد از نظر وجود فلزات سنگین، نیترات و سولفات
- بیو پلیمر پلی ساکاریدی برای مصارف دامپزشکی
- راهکارهای کارآمد کاهش انتشار گازهای گلخانه ای از طریق فناوری کشاورزی هوشمند
اطلاعات بیشتر در مورد COI
COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.
کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.